你知道分析时如何正确设门吗？

niwanmao

在检测时，我们使用阴性样本和实验样本检测后，可能会得到三种主要的不同分布结果：

如果是阳性群和阴性群分开非常明显，轻松设门（如下图）

如果实验样本的峰只是发生了一点点偏移，说明抗原表达非常微弱，此时用平均荧光强度（geomean或median）进行对比更合适（如下图）


还有一种情况，就是出现阳性峰，但是阳性峰表达还是很弱，与阴性峰分不开（如下图），此时，可以用阴性样本设置marker进行百分比分析。那么这里就要提到一个大家分析时非常常见和纠结的问题，就是阴性样本的百分比是不是必须设置为0.1％？其实并不是这么计算，按照高斯分布理论，要确保3SD的样本都在范围内，确实需要0.1％的阈值，但实际上很多时候样本会存在一些拖尾或其它影响因素，还是可以将设门阈值提高到2％以内（2SD）的，否则仍然坚持你的0.1％思想就会影响到结果（如下图C）。



我个人的方法是沿着峰的右侧肩最靠近坐标轴的曲线，在变平前画一段延伸，与X轴交叉处，并且小于2％的，可定为Marker位置（见下图）。



可能很多人觉得主观性比较大，只能这么说吧，在这种情况下，确实是只能采用这种半主观的定量方法，当然随着流式细胞术发展，相信会解决此类难题。

haven_t

有算法解决的。

niwanmao

haven_t 发表于 2015-7-9 22:30
有算法解决的。

杜兄可否详述？

haven_t

niwanmao 发表于 2015-7-10 08:37
杜兄可否详述？

flowjo里面有个直方图比较的功能，好像提供了两种比较的方法。

laogong_wo

倪老师，设门的时候，1）阳性和阴性群分开明显情况下，划阳性门时，阳性门内是不是1%以下就可以？2）弱阳性情况下，阳性门是不是也保持1%？画在阴性阳性峰交叉的位置可以吗？3）阴性阳性峰分不开的情况下，按照上文理解，是不是使阳性门保持2%以下就是合理的？刚开始做流式，很多基础问题不懂，请您指教。

niwanmao

laogong_wo 发表于 2015-7-14 12:17
倪老师，设门的时候，1）阳性和阴性群分开明显情况下，划阳性门时，阳性门内是不是1%以下就可以？2）弱阳性 ...

1、分群明显时，1％也不是硬性规定，关键是划在那个曲线延伸段和X轴的交叉处。
2、弱表达，能用MFI最好用MFI，一定要用百分比，也按照上面所说的。
3、两群分不开的时候，也是同样原则，找对点，尽量2％以内。

小宁

老师  你好  我才开始研究流式细胞仪  我想问一下你上面提到的SD是什么意思

niwanmao

小宁 发表于 2015-11-4 17:56
老师  你好  我才开始研究流式细胞仪  我想问一下你上面提到的SD是什么意思  ...

SD是指标准差。

lypzy1221

倪老师，你好，关于上面的第二条，弱阳性的设门我没有怎么看懂，您能不能更加详细的给我讲解一下，怎么确定MEDIAN值？是不是用MEAN值也可以呢？谢谢

niwanmao

lypzy1221 发表于 2015-11-10 16:52
倪老师，你好，关于上面的第二条，弱阳性的设门我没有怎么看懂，您能不能更加详细的给我讲解一下，怎么确定 ...

如果波的分布呈高斯分布，那么median和geomean是一样的，如果倾斜的话，那么建议用median。