B-ALL DNA index

Susan

前些日子一直很忙，今天来补交倪老师的作业。下面的图片是最近一例儿童B-ALL确诊时的DNA指数。第一张为正常对照，第二张为正常对照标本加上病人标本，第三张为病人病人标本。

最后一张病人的图，在主峰旁边有一个若有若无的小峰，（这张图被放大了好几倍）。当时就感觉这个小PEAK很可疑，因为背景很干净，几乎没有非特异性染色。然后就报了个疑似DNA 指数1.3. 过了几天cytogenetic的结果出来了，证实了这个病人染色体21多了一条copy。 下面是cytogenetic的报告，供大家参考一下：
Abnormal FISH results:
FISH studies using the Vysis ETV6 (12p13-labelled green)/RUNX1 (21q-labelled orange) probe set showed an abnormal signal pattern of one small orange, one large green and two fusion signals in 147/200 (73.5%) interphase cells examined. This result is consistent with the presence of cells with t(12;21) (p13;q22) and an extra copy of the derivative chromosome 21 from a 12:21 translocation.

DNA 指数在儿童B-ALL预后评估和risks tratification有重要意义：
如果DNA INDEX < 1.16, 预后较好，如果>1.16，预后较差

我的心得就是看图要仔细，经验多了就会有种感觉，然后能判断的八九不离十。
请倪老师指正补充一下。

对照
https://flowcyto.cn/bbs/forum.php?mod=attachment&aid=ODc5NnxiZGM2NTBhYXwxNzQxODE0Nzk4fDB8

病人
https://flowcyto.cn/bbs/forum.php?mod=attachment&aid=ODc5OHw1MTU0NWQxOHwxNzQxODE0Nzk4fDB8


病人与对照叠加
https://flowcyto.cn/bbs/forum.php?mod=attachment&aid=ODc5N3w3YzVhM2E5MHwxNzQxODE0Nzk4fDB8

niwanmao

感谢康老师的无私分享。看了下对照的图片，想请教一下，PE-A/PE-H散点图上，为什么不画斜向矩形排除粘连体呢？

Susan

倪老师看图真仔细。您说的那个排除粘连体的门，我们也设了，您看一下第一张正常对照的图里PE-A/PE-H的图里，那个比较宽的门是您说的斜向矩形吗？第二和第三张图也有设此门，只是我把主要的dot plot放大了挡住了PE-A/PE-H的门。
和做MRD分析不一样的是，测定DNA INDEX排除粘连体的门我们设的比较宽大，是怕万一错过了小的anueploidy. 像骨髓血液这种标本比经过固定的组织切片更干净一些，造成粘连体的机率比较小。

niwanmao

Susan 发表于 2015-9-22 20:46
倪老师看图真仔细。您说的那个排除粘连体的门，我们也设了，您看一下第一张正常对照的图里PE-A/PE-H的图里 ...

康老师，您好。我指的是一般我们通过如下图这样排除粘连体（下图蓝线），因为那两群粘连细胞实在太明显了，我觉得这种粘连应该与细胞类型无关，而是不可避免的。这样去掉之后，应该不会影响您的倍体分析的。

Susan

嗯，您画的门比较精细，不过这么多年我们DNA index都是这么设门，没有为了排除粘连体而把门延着45度角很精确的设置。据我所知，还没有因为粘连体的问题干扰过分析。我想了一下，可能的解释是我们只关注DNA index（基本标本类型为外周血，骨髓，和脱蜡的胚胎标本）而不是cell cycle, 所以排除粘连体对我们的分析相对来说干扰不大。如果是关注细胞周期，那么粘连体会把DNA content变成2n,甚至3n, 就会对分析造成干扰。基本上我们实验室出过漏报的，但是还没有假阳性的报告。

niwanmao

Susan 发表于 2015-9-23 19:40
嗯，您画的门比较精细，不过这么多年我们DNA index都是这么设门，没有为了排除粘连体而把门延着45度角很精 ...

如果不计算比例确实圈不圈无所谓。我不是对你们的结果存疑，只是个人建议尽量还是排除一下粘连体更好，尽管历来如此，但如果能有更好的方法，还是可以尝试一下嘛，您说是吧。

Susan

嗯，谢谢倪老师提醒和建议，和高手切磋一下总是获益匪浅。