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当流式图上出现奇怪的信号时,Time参数可能会帮您解决

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发表于 2016-3-22 22:23:44 | 显示全部楼层 |阅读模式

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Time(时间)是几乎所有流式细胞仪都有的一个参数,很多时候,研究者用它来监测一些指标的变化。
例如当您想观察药物处理标本后,细胞所发生的生理变化,那么可以在不同时间点处理和分析标本。这种变化过程的速度有以下几种可能:
1. 慢速: 可能需要数天后才能观察到变化,例如人或动物细胞被病毒或细菌感染后产生的免疫反应,或者浮游植物的变化。
2. 中速: 药物或细胞毒药物处理细胞后,产生的变化可能数小时内就能观察到。
3. 快速: 变化发生在数秒内,例如胞内钙离子浓度变化。

但这个参数,在大多数科研和临床工作中都被忘却,大家都忘记了它的存在,实际上,这个参数很重要,它可以用来监测仪器的稳定性,也可以检测激光器和检测器的问题。

在时间参数图上,能够看出气泡和仪器状态等问题,也可以通过设门,排除掉错误的信号(尤其是获取之初可能出现的异常信号,或标本获取完的时候混入的气泡和混杂信号)。
Screen-Shot-2014-06-06-at-5.43.45-PM.png

​现在有了一个神器:flowClean,可以给您的FCS文件加上GoodVsBad参数,达到快速排除掉错误和无效的信号。
如下图,是FlowClean包计算前的FCS数据、计算后GoodVsBad参数在时间轴上的展示、计算后导出的FCS数据。
屏幕快照 2016-03-22 下午10.16.02.jpg

flowClean是R语言包,需要安装R语言程序,详见:https://www.bioconductor.org/pac ... t/doc/flowClean.pdf

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