流式实验，应该获取多少个事件？结果是阳性的吗？

niwanmao

在熟悉了流式细胞术之后，开始做实验了吧，电压、补偿当然是逃不掉的一关，然而，还有一个问题无论你我可能都比较疑惑，就是我在实验中应该获取多少个细胞/事件？我的结果中多少个细胞才算是阳性？

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这下，你们的问题是否都解决了？没有的话，回帖讨论讨论。

流式中文网编译自：Roederer, M. (2008), How many events is enough? Are you positive?. Cytometry, 73A: 384–385. doi:10.1002/cyto.a.20549

zhenlai_zhu

谢谢站长的介绍，一直都按照老师说的来，就是想看的细胞群收到10000个；开始在Pubmed搜这篇文章的时候还以为是发表在Cytometry上，后来才知道是Cytometry A，这个杂志还经常发表一些流式的方案和新应用，以后该关注关注

niwanmao

zhenlai_zhu 发表于 2016-10-24 22:05
谢谢站长的介绍，一直都按照老师说的来，就是想看的细胞群收到10000个；开始在Pubmed搜这篇文章的时候还以 ...

这两个杂志以前本是一家，就是Cytometry，后来才分成A和B两本的。

hbezyr

要收集多少细胞，真是个基础问题。
这几天的cytomerty mailist上，也有些人提到这个问题。
有关心公式的，有直接凭经验的。
Mario前面的邮件是提到了倪老师讲到的多次重复的方法，在后来，他又回了封邮件，讲了一次获取的方法。
具体见http://link.springer.com/protocol/10.1007/978-1-61737-950-5_12/fulltext.html 的Fig2


   简单来讲，作者要在freshly isolated human bone marrow检测表型为CD45−/CD34−/CD105+/CD73+ mesenchymal stem cell。
首先，作者收集了4,074,618 events，得到一个FCS文件。其次，以三次随机来分割文件，使得文件包括有100，1000，10000,etc  数目的events.再对每个文件进行分析，收集阳性events 数 和检测event作图，再以阳性百分比和检测events作图，最后以CV(SD/mean)和检测events 作图。

这个分割FCS文件的方法，如何实现啊？！

niwanmao

hbezyr 发表于 2016-10-25 10:45
要收集多少细胞，真是个基础问题。
这几天的cytomerty mailist上，也有些人提到这个问题。
有关心公式的， ...

这个方法不错。
直接分割FCS文件的软件似乎没有，建议用R语言包flowCore的subset、split试试。

qingshi

真心感谢！！赞！！