设门的奥秘

niwanmao

平时，做科研的时候，可能大多数FLOWER都习惯了用直方图来分析最终的结果，这是师兄师姐传下来的，也可能是当初单色流式流传下来的。平时在流式中文网的论坛上（http://www.flowcyto.cn）上，也不少站友提问时均拿出杂志文章的结果来作为证据，要求结果用直方图表示。

从我个人来看，大多数情况下，还是希望能够用散点图来设门选择阳性信号。为什么呢？下面一步步看来。

对于直方图，一般分群分得开，设门没有一点问题，门划在中间空白区域即可，例如CD4、CD8等表达。

但如果分得不开呢？比如下面这幅图：



​GFP样本可以划在两个峰中间吗？


上面这个直方图如果把marker设在两峰中间，那么在阴性对照上，就看到阴性峰的拖尾出界了，这是什么情况？我们试着将图调到散点图看看：


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​调到FL1/FL2散点图，很明显看到一些细胞存在较明显的自发荧光，所以导致其分布是斜向分布（左图细胞群的右上角），而不是理想中的圆形分布，所以，在设门上，最理想的设门方法是在FL1/FL2散点图上用斜向梯形门圈出阳性信号(如右侧图这样)


到这里，FLOWER们是否都清楚了，设门，无论你标记几色，尽量用散点图、斜向门，因为不能保证不存在其它非特异性荧光影响。