如何合并FCS文件

zhouweiwei

因为guava的流式细胞仪在低流速下只能收取10min的细胞，而做细胞周期时收取足够的细胞数目才比较好，所以我在想能不能收取两次细胞，然后后期加工，通过合并两个FCS文件，使具有足够的细胞数量。但是现在遇到技术难题，并不知道怎么才能合并两个文件，我觉得这个应该会比较容易。FCS文件独特的编码方式让我不知道如何解码他，请大神指教一下，本人会使用R语言和python。

niwanmao

R语言可以用flowCore模块读取两个文件后，再进行数据集合并，这个应该比较容易啊。
此外，GenePattern有MergeFCSDataFiles模块可以直接合并：http://software.broadinstitute.o ... -data-preprocessing

上述两个方法还做不好，那就考虑用商业软件的合并FCS文件功能，例如Kaluza的Merge selected Data Sets和Flowjo的concatenate功能。

happyeday

如果直接浓缩一下细胞，虽然慢速也应该可以收够足够量的细胞。

zhouweiwei

happyeday 发表于 2017-3-16 13:48
如果直接浓缩一下细胞，虽然慢速也应该可以收够足够量的细胞。

容易堵机子，guava的微毛细管容易堵

happyeday

zhouweiwei 发表于 2017-3-17 03:18
容易堵机子，guava的微毛细管容易堵

谢谢您！guava用的是微毛细管啊！学习了。我们的是C6.

kikisldunst

niwanmao 发表于 2017-3-16 07:05
R语言可以用flowCore模块读取两个文件后，再进行数据集合并，这个应该比较容易啊。
此外，GenePattern有Mer ...

您好，想请教一下是否一定要相同颜色的fcs才能合并呢？我试了一下flowjo合并，其中几个颜色没有显示，显示的也不是shared那几个，是否参数选择出了问题呢，谢谢

niwanmao

kikisldunst 发表于 2019-5-15 13:35
您好，想请教一下是否一定要相同颜色的fcs才能合并呢？我试了一下flowjo合并，其中几个颜色没有显示，显 ...

需要相同通道的FCS才能合并。如果你希望通过两个FCS文件中某几个相同标记，把另外几个不同的标记合并，需要一定的算法。