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站友@steven 前几天在网站上提了一个很多人做科研中都会碰到的事情，就是如下图这样，阳性信号无法与阴性分开的时候，如何分析？原帖地址：http://www.flowcyto.cn/bbs/thread-5843-1-1.html
确实，在流式检测中，经常会碰到一些弱表达的信号，无论是临床还是科研，此时，Marker的放置就成了关键，否则一不小心，稍微拖动一下，百分比就大变。
那么如何更规范地分析此类指标呢？结合一些文献中的图，我的建议如下：
1、优先采用下面这种Contour Plot，不少分析软件中都可以找到。Contour Plot这种类型，比较容易使我们找到边界，设门容易有参考依据（如下图的右上方）。说到这里，切记，生物学阴性参照才是正确的阴性对照，要避免用同型、空白对照设门。
2、设好门之后，可读取百分比直接作为结果。
如果觉得百分比不是很合适，可以用MFI，也可以考虑用更有意思的iMFI。
那么，iMFI是什么鬼？
iMFI全称是integrated MFI，等于MFI值×表达率，相当于反映了蛋白在细胞上的总表达量，Darrah等人在Nature Medicine (2007) 13:843-850上的疫苗研发文章上提出了这个概念，认为iMFI更能够胞内因子分泌水平，更好地反映疫苗有效性。
不过，无论是iMFI还是MFI来作为结果，需要注意的是，你的仪器质量控制都要做得非常好，以保证每次实验的仪器状态都近乎一致。
文献源：
Darrah P,A, Patel D,T, De Luca P,M, Lindsay R,W, Davey D,F, Flynn B,J, Hoff S,T, Andersen P, Reed S,G, Morris S,L, Roederer M, Seder R,A. Multifunctional TH 1 Cells Define a Correlate of Vaccine Mediated Protection Against Leishmania Major. Nat Med. 2007;13(7):843–50.
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发表于 2017-4-27 19:44:55
发表于 2017-5-22 12:07:30
