介绍一款有意思的免费流式分析软件—CytoSpec

niwanmao

免费版的流式分析软件我们之前向大家介绍过两款：
►流式分析助手－免费的跨平台版CellQuest
►haven_t热心站友的CFCS流式分析软件
今天向FLOWER们介绍一款有意思的免费流式分析软件—CytoSpec，目前最新版本的9.0，2016年4月19日出的。Purdue大学的作品。
整体看了下，这款软件在补偿调节上貌似没优势，我找了半天没看到调节补偿的地方，但是其特色之处就是加入了PCA分群功能 ，这个功能是欧洲那个Euroflow使用的Infinicyte特有的功能，有点意思。

软件下载地址：
64位版本——Cytospec V 9 64 bit
32位版本——Cytospec V9 32 bit


软件截图：
常规分析


PCA分析


教程：
基本操作介绍

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散点图矩阵：

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PCA分析：

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774055480

请问倪老师什么是PCA分群功能？可否解释一下

niwanmao

774055480 发表于 2017-7-13 11:52
请问倪老师什么是PCA分群功能？可否解释一下

PCA又叫主成份分析，在EuroFlow推荐的白血病标准化方案里面，大多用Infinicyt软件分析，那个软件就采用PCA分析后，PC0和PC1绘制散点图，可以比较好的将所有抗原表达综合到两个参数上，实现降维功能

774055480

学习了，谢谢倪老师

hbezyr

我没有见过这样子的分析。
对于这里应用PCA很不能理解。
用PCA是为了降维分析样本信息，比如可以简单区分有病与无病人的信息，当然也可以像例子中用来对单个细胞进行区分。
但是在流式中，抗原实际上有很强的生物学意义，对于这些数据来进行PCA分析，有点用错方向了吧？
另外，PCA中各PC对变异的解释是一个很有用的指标，这里完全不显示？

个人意见。

niwanmao

hbezyr 发表于 2017-7-14 13:39
我没有见过这样子的分析。
对于这里应用PCA很不能理解。
用PCA是为了降维分析样本信息，比如可以简单区分有 ...

不是这样单纯的。Euroflow中的应用是选出白血病细胞，然后对其抗原表达进行PCA计算，这样子，不同种类的AML会存在不同的PC值，于是就可以比较好的区分不同种类AML。
如果单纯分群，PCA不是一个好方法。

lxk47640

横纵坐标能手动调整么？

niwanmao

lxk47640 发表于 2024-3-10 04:52
横纵坐标能手动调整么？

这是2016年的软件，那时候的数据都是模拟型的，不是数字型的，所以没有现在这种放大缩小坐标限的功能