请问我的凋亡图要怎么分析sub-G1？

stzrj

我做的是PI单染，想用Sub-G1来分析细胞凋亡（因为条件限制无法做annexin）。我的空白组的细胞周期拟合度比较高，但是给药组没办法用拟合来分析凋亡。我已经重复了三次给药组实验，而且给药组和对照组都是同时做的，但是给药组都是这样的结果，所以应该不是操作的问题。
我看到一些文献是不需拟合，直接用横线圈住细胞来分析，但是modfit，flowjo都没有这个功能。请问我要用什么软件分析？（P.S. BD accuriC6 的软件听说可以分析，但是我下载在我的电脑上为什么无法打开FCS文件？）

请各位老师指教！

自己做的-未加药

自己做的-加药

文献1

文献2

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2017-11-27 11:45 上传

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niwanmao

stzrj 发表于 2017-11-28 12:50
谢谢倪老师！再问一下，您指的电压是机器的电压还是可以在软件里面调的电压？我用的是C6的机子，调不了电 ...

C6不能调电压，但是可以调节坐标，如果你需要文献里面这样的图，直接在C6机器自带软件里面设门分析即可。

niwanmao

1、你的坐标是不对的，没有把电压调到足够高，导致群体之间分不开。
2、文献中的门是普通分析软件绘制的，不是Modfit里面的，直接用FlowJo或其它分析软件（例如我们首页上推荐的CFCS或流式分析助手）

stzrj

niwanmao 发表于 2017-11-28 08:00
1、你的坐标是不对的，没有把电压调到足够高，导致群体之间分不开。
2、文献中的门是普通分析软件绘制的， ...

谢谢倪老师！再问一下，您指的电压是机器的电压还是可以在软件里面调的电压？我用的是C6的机子，调不了电压

Veblen

跟着上面的帖子，不发新的帖子。有一个问题思考了很久：
Sub G1峰细胞基因组含量＜2C，一般代表细胞晚期凋亡的比例，如果细胞处于G1期能够理解；我的疑虑是：如果细胞处于G2期，它的基因组含量是4C，它发生了凋亡，那这个时候可能不会出现Sub G1峰，不可能4C很快就变成小于2C, 所以发生了晚期凋亡，Sub G1峰不能准确代表细胞凋亡的比例。
所以平时用Sub G1峰来表示细胞凋亡或晚期凋亡，这样就是不准确的，对吗？
希望老师解答一下

niwanmao

Veblen 发表于 2023-10-23 23:15
跟着上面的帖子，不发新的帖子。有一个问题思考了很久：
Sub G1峰细胞基因组含量＜2C，一般代表细胞晚期凋 ...

想的比较深入，但是想偏掉了

是这样的，任何周期的细胞的凋亡，在经历了早期凋亡之后，最后都是以DNA片段化断裂为结局的，这个片段化可不是说从4N到3N再到2N再到2N不到，而是整体断裂掉，所以不管多大含量，最后的片段的DNA含量都是小于G1峰含量的。

Veblen

niwanmao 发表于 2023-10-24 08:04
想的比较深入，但是想偏掉了

是这样的，任何周期的细胞的凋亡，在经历了早期凋亡之后，最后都是以DNA片 ...

明白了，谢谢老师

wmj123456

niwanmao 发表于 2023-10-24 08:04
想的比较深入，但是想偏掉了

是这样的，任何周期的细胞的凋亡，在经历了早期凋亡之后，最后都是以DNA片 ...

倪老师，关于用Modfit软件分析sub-G1期比例，我有几个疑问，
1在FSC和SSC中，有看到2群，左下角是碎片，右边是主细胞，是不是圈主细胞就行？而且在做Annexin V凋亡的时候，会看到一群fsc小SSC大的凋亡的细胞，在周期里没有看到，这个跟样本类型有关，还是跟染色PI经过固定有关？

2在选择mod的时候，把碎片和凋亡全部选上，可以移动碎片和凋亡峰的位置，但是不知道如何界定位置？如果在fsc和ssc中只圈主细胞，这一步是否可以不选择显示碎片，那么最前面的是否都是凋亡的群体了？
我这边有2个数据，可以帮忙分析下吗？

niwanmao

wmj123456 发表于 2024-7-11 10:15
倪老师，关于用Modfit软件分析sub-G1期比例，我有几个疑问，
1在FSC和SSC中，有看到2群，左下角是碎片， ...

你这些结果做得非常漂亮。FSC/SSC上如有凋亡细胞是要圈的，但是你这两个文件里面似乎未看到有FSC变小的凋亡细胞。

wmj123456

niwanmao 发表于 2024-7-11 10:31
你这些结果做得非常漂亮。FSC/SSC上如有凋亡细胞是要圈的，但是你这两个文件里面似乎未看到有FSC变小的 ...

太感谢倪老师这么快回复我，在fsc和ssc中是没有看到fsc小ssc大的细胞的，所以我就只排除碎片圈主细胞就可以了？
但是在后面拟合的时候，我看您把碎片和凋亡的都选上了，这一步该怎么区分碎片和凋亡峰呀？而且在fsc和ssc中其实没有圈碎片，这一步还需要让勾选碎片的框框吗？