细胞周期分析，我如何确定几倍体？

niwanmao

一个细胞周期结果出来，如果已经知道样本是2倍体，很简单，用Modfit等专业软件，一拟合，马上就出来了：



但如果样本的倍体未知呢？苦恼了。

没关系，两个绝招。

1、用鸡红细胞核

我们会发现，很多标准的Protocol里面，都会提到用鸡红细胞做倍体参照，其实就是鸡红细胞核（CEN）。CEN的DNA含量大约是人的35％，这就意味着人的细胞DNA指数是1.0，CEN的DNA指数是0.35。因此，可以用CEN峰的位置，就能确定未知样品的相对DNA指数。

另外，也可以用鳟鱼红细胞核（TEN），但TEN的DNA含量是人的80％，就是DNA指数0.8，所以TEN的G2/M峰可能会与人细胞的S期重叠，使得细胞周期分析困难。 因此，大多数情况下，还是会用CEN，不会对样本的直接分析产生干扰。

2、用已知倍体的样本

如果你有已知的倍体，也是可以用于做参照的。例如有一份已知二倍体的细胞，上机后得到2C和4C两个峰，再上一个未知样本，发现其两个峰分别是4C和8C的位置，那么就可以确定该样本是四倍体。但分析的时候，不能像用CEN那样直接采用混合样本，因为已知倍体的样本会对分析产生干扰。所以个人建议需要设置两管：
(1)已知倍体＋未知倍体，确定倍体类型
(2)未知倍体，分析倍体和周期分布



参考：Vindeløv, L.L., Christensen, I. J., Nissen, N. I. (1983) Standardisation of high-resolution flow cytometric DNA analysis by the simultaneous use of chicken and rout red blood cells as internal reference standards. Cytometry 3, 328-331.

tiger

长空朗月 发表于 2019-5-14 21:53
老师您好，我想问下您说的第2种方法“用已知倍体样本”中提到的：已知倍体+未知倍体，确定倍体类型。这个已 ...

是的，混在一起，用已知的做为内参。

qingshi

请问一下植物的倍体标准品用什么？

niwanmao

qingshi 发表于 2019-4-27 22:11
请问一下植物的倍体标准品用什么？

植物有专门的标准品的，有已知倍体和核酸含量的标准品。

楚雪菡

niwanmao 发表于 2019-4-28 16:28
植物有专门的标准品的，有已知倍体和核酸含量的标准品。

老师，我想要的也是这种峰图，请问您是怎么做出来的？我的峰图中理论上应该出现2c，4c，8c甚至是16c，这样的结果，我该怎么得知他们各自的比例呢？

niwanmao

楚雪菡 发表于 2019-5-9 21:51
老师，我想要的也是这种峰图，请问您是怎么做出来的？我的峰图中理论上应该出现2c，4c，8c甚至是16c，这 ...

Modfit里面每个倍体的位置拉好之后，拟合，软件自动计算。也可以在普通软件里面自己设门，可以读出比例。

楚雪菡

niwanmao 发表于 2019-5-10 08:59
Modfit里面每个倍体的位置拉好之后，拟合，软件自动计算。也可以在普通软件里面自己设门，可以读出比例。 ...

恩恩，好的

楚雪菡

niwanmao 发表于 2019-5-10 08:59
Modfit里面每个倍体的位置拉好之后，拟合，软件自动计算。也可以在普通软件里面自己设门，可以读出比例。 ...

老师说的普通软件是？

长空朗月

老师您好，我想问下您说的第2种方法“用已知倍体样本”中提到的：已知倍体+未知倍体，确定倍体类型。这个已知+未知是这两种细胞混在一起，然后用流式分析吗？

长空朗月

tiger 发表于 2019-5-15 08:37
是的，混在一起，用已知的做为内参。

老师，还想追问一下：1.上机的时混合样与未知倍体样所调参数设置要一样吗？比如说电压...