MODFIT凋亡峰

clear1012

怎么能在G0G1期前面的debris 区域划出凋亡峰？MODFIT 软件，求倪老师指点

niwanmao

在设置窗口，把Apoptosis勾上就行了，然后拖放好SubG1峰的位置。

clear1012

niwanmao 发表于 2019-3-17 14:39
在设置窗口，把Apoptosis勾上就行了，然后拖放好SubG1峰的位置。

倪老师，还有个问题就是，如果某个实验分组N 个药物处理，发现其中有几个组出来的峰很诡异，是不是凋亡的太多？用modift 所有门和G/G1的值一旦设定是不可以更改的对吧？所有样本都是一样参数？只是在分析的时候G0G1 的峰在不断改变，需要调试所有样本在同一参数下尽量拟合的很好的一个参数对吧？还有我发现，药物处理死亡的比较多的组，modeled events 显示的细胞数特别少，那么纵坐标如何更改到一致呢？改大后就会很难看。这个问题我查看了一下，好像是门设置的大部分组别的都在门内，但是其中几个组都在细胞都在门外了，这个是怎么回事呢，上机 的时候按照未处理组参数调好跑的，这样的数据还能用么？还是把门设置的大一点？

niwanmao

clear1012 发表于 2019-3-17 19:19
倪老师，还有个问题就是，如果某个实验分组N 个药物处理，发现其中有几个组出来的峰很诡异，是不是凋亡的 ...

要使峰的位置一致，在染色时，细胞密度、体积、PI用量都要保持一致。
否则，你就只能不断更改最优的G2/G1比例来实现一致结果。
如果Modeled Events太少，需要多取细胞

mybiosciences

用DNA周期的凋亡峰衡量凋亡非常不准确，尽量不用

clear1012

mybiosciences 发表于 2019-3-26 00:23
用DNA周期的凋亡峰衡量凋亡非常不准确，尽量不用

但是药物处理过的组周期图很难看，而且纵坐标count number 明显不够，上图的时候如何处理数据？需要单独把subG1峰划出来吗？有时候很难确定各个峰的峰值，特别是S期好像是确定好G1 和G2后自动拟合的，有时候跟debris 或者sub-G1无法区分？
药物处理组的周期图的纵坐标需要跟对照组的范围一致么？

clear1012

niwanmao 发表于 2019-3-18 09:12
要使峰的位置一致，在染色时，细胞密度、体积、PI用量都要保持一致。
否则，你就只能不断更改最优的G2/G1 ...

倪老师，请指教一下这张周期图的问题？感觉用自定义模式拟合的不知道正确与否？

niwanmao

clear1012 发表于 2019-3-26 12:50
倪老师，请指教一下这张周期图的问题？感觉用自定义模式拟合的不知道正确与否？
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事件数太少，而且不知道你前两个门是怎么设的，似乎从来没看到过这样子的

clear1012

10000个event 对于周期来说不够是不是？处理组取的半数致死剂量，镜下看有差不多一半死亡。经过前期处理后的细胞，最后可能收的细胞数就远远不够了，是不是在在对照组和处理组之间在选择event细胞数的时候可以更改？还是说必须一致呢？

clear1012

niwanmao 发表于 2019-3-26 19:48
事件数太少，而且不知道你前两个门是怎么设的，似乎从来没看到过这样子的 ...

谢谢倪老师，我又做了一下，图形好看多了，可能是处理过程细胞数目有问题。请教一下，在别的视频课程里讲细胞周期的时候，提到如果CCNA1表达降低，S期阻滞。我的联合用药物数据显示S期明显升高，wb结果CCNA1下调，可是没有找到相关的文献支撑。我的问题有三：1.CCNA1下调s期阻滞，这种S期阻滞会诱导细胞凋亡吗？（流式凋亡数据支持）。
2.S期不是DNA合成期吗，如果S阻滞的化是说明DNA合成增加吗？我看到相关帖子说的是以S 期细胞比率作为判断肿瘤增殖状态，这不是跟预期结论（抑制细胞增殖）正好相反吗？还需要进一步检测DNA损失的相关蛋白吗？
4.G2M期阻滞，CCNB1和p-CDC2应该是怎么变化呢？
5.为什么跟对照组比，纵坐标会少呢，我看到有帖子说是还有谢谢解答~