收样结束后电脑死机，重启导致文件读不到数据

Smile14

收样结束清洗仪器结束后，结束收样起码有10几分钟吧，电脑卡死机，重启以后发现已经跑完的程序只保存了个模板，去软件存储区找到的原文件有100k左右，但导入或者在flowjo看都只有空白的模板而已。大神们有啥解决办法追回数据图吗？

niwanmao

这是FCS文件损坏的缘故。修复方法：
1、下载并安装R语言可执行程序，启动后安装flowCore（读取FCS文件用）。

2、随便找一个损坏的文件，以下图的4b8e×××文件为例：



3、启动R语言框架，采用下列命令加载和读取FCS文件，此时，可看到错误所在，就是数据量应该是8141，但是TOT关键词字段值却是0，两者的冲突，造成分析软件无法正确读取数据，那么好办，我们改。




4、用Sublime Text软件（或其它可编辑大文件的文本工具）打开FCS文件，可以看到图中划线处的TOT字段就在前几行里面，目前的值是一串0，把最后4位0改为8141，保存，关闭即可。推荐Sublime Text软件的原因是这个软件保存文件都是按照其原本的格式，不会导致文件修改后格式不可用。



5、此时，再用相同的命令，读取一次这个修改后的FCS文件，就发现前面的错误没有了，但是提示数据可能不完整。这没关系，至少8141个事件数据都有了。



6、我们用View命令查看一下读取的FCS数据，发现有较多的0值，说明都是出错的数据，用数组操作命令去掉这些含0的数据即可。



7、去除0之后，我们发现，数据都全了，剩下的有效事件数有2778个，虽然少了很多，但至少珍贵的数据回来了。这个时候，用write.FCS命令，把这些数据写入到新的FCS文件。就可以用流式分析软件正常分析了。



祝顺利。

liuruiluna

哇塞 ，这个段位好高

btx362237729

建议找工程师求助

Smile14

btx362237729 发表于 2019-6-13 09:40
建议找工程师求助

不是仪器问题，是文件损坏了，照着倪老师的方法修复了受损文件。

Smile14

niwanmao 发表于 2019-6-11 21:18
这是FCS文件损坏的缘故。修复方法：
1、下载并安装R语言可执行程序，启动后安装flowCore（读取FCS文件用） ...

感谢倪老师，已经通过r将文档修复，虽然丢失了点数据，但大体上都是与收样时候一样的