肠道TCRγδ+IEL磁珠分选 如何去除死细胞和碎片及提高纯度

YuJianyu

  最近用美天旎anti-APC磁珠分选B6小鼠小肠TCRγδ+肠上皮间淋巴细胞（γδ+IELs），抗体用的是biolegend的APC-TCRγδ。细胞提取及分选步骤是：DTT溶液处理小肠→过滤→40%/80% Percoll密度梯度离心→Ficoll密度梯度离心→CD16/32抗体block→孵APC-TCRγδ抗体→孵beads→上分选柱。但每次分选出来之后都有较多的死细胞和细胞碎片，请问如何解决这个问题？以及如何进一步提高纯度？望@niwanmao老师以及各位站友出手相助！

niwanmao

这个比例还可以吧，之所以看上去碎片多，主要应该还是阈值太低了，把阈值提高点，就好很多了。

YuJianyu

niwanmao 发表于 2019-6-18 15:23
这个比例还可以吧，之所以看上去碎片多，主要应该还是阈值太低了，把阈值提高点，就好很多了。 ...

谢谢！还想问个问题，这个纯度的细胞如果拿去做RNA sequence可行吗？这个量的碎片和死细胞会对sequence结果造成很大影响吗？

niwanmao

YuJianyu 发表于 2019-6-19 00:57
谢谢！还想问个问题，这个纯度的细胞如果拿去做RNA sequence可行吗？这个量的碎片和死细胞会对sequence结 ...

RNA sequencing的样本要求不是很精通，我觉得没问题

mybiosciences

美天旎有专门去除死细胞的试剂盒，可以加一步
普通的rna测序没有问题，单细胞测序对活性要求很高