流式智子细胞因子定量自动批量分析模块

niwanmao

这个国庆假期，大伙儿玩的可好？
我趁这个假期，编写了一个细胞因子定量自动批量分析的模块（流式智子：https://ai.flowcyto.com/）。

利用强大的免费软件Flowing的批处理自动找峰的功能，搭配流式智子的自动标准曲线拟合（新模型，比原先常见细胞因子分析软件的多项式更准确），无论什么机型、多少因子、多少样本，都能快速批量出结果。

模块目前正在紧张进行最终测试，会在本月开放智码的发放，有需要分析流式细胞因子（不是胞内因子，而是血清、培养液细胞因子定量）或者ELISA数据的FLOWER，均可在站内兑换智码（30颗流星兑换一个月使用期限，偷偷告诉你，这其实就是免费使用，因为每天登录流式中文网就有一颗流星赠送）。数量有限，请关注最近的站内通知和微信公众号推送。
之前线下聚会已有智码的FLOWER可以直接登录试用。

使用流程很简单：
1、使用Flowing，设置好模板，启动Fold Runner，就会自动生成每个因子每个文件的MFI StatList，以我们这边常见6因子的结果为例，模板布局和启动Fold Runner后的效果如下，实际运行速度会略慢，但是你只需要慢慢品尝一杯茶或咖啡，让程序自动跑去吧：



2、将生成的StatList数据，复制到Excel中，并另存为CSV文件，标准品和样本的CSV数据格式如下：



3、依次上传标准品CSV和样本CSV 到流式智子上，几秒钟就出结果，你可以直接下载CSV格式的结果到自己电脑，整个过程，无论多少样本，需要你自己操作的时间合起来没几分钟：

mybiosciences

为倪老师点赞！
倪老师，请教您几个问题：
1.这个智子里面细胞因子的浓度用的什么计算的公式
2.微球的荧光强度用的是mean，geomean还是median？
3.在细胞的实验中，我们也会经常计算某个参数的荧光强度，请问这个荧光强度是否也可以近似的换算成蛋白的表达量呢，比如比较不同的启动子表达的EGFP，阳性细胞的EGFP的表达量与阳性细胞的EGFP的荧光强度是一个怎样的关系呢？
谢谢倪老师

niwanmao

mybiosciences 发表于 2019-10-8 23:14
为倪老师点赞！
倪老师，请教您几个问题：
1.这个智子里面细胞因子的浓度用的什么计算的公式

1.计算细胞因子的浓度用平均荧光强度。
2.微球的荧光强度用的是geomean，由于大多数情况下呈正态分布，所以median也可以用，但是geomean用的更多。
3.在细胞的实验中，我们也会经常计算某个参数的荧光强度，这个荧光强度与蛋白的表达量呈正相关，但是不一定呈线性。