分选treg

苏沁沁

想请教下各位：实验是将组织和外周血来源的treg分选出来后送单细胞测序、但测序结果显示有B细胞和粒细胞marker、为什么？分选时淋巴细胞群明显、不应该会圈错的。u

niwanmao

比例多吗？

苏沁沁

从tsne图来看、b和粒细胞占了50%

niwanmao

苏沁沁 发表于 2019-11-10 19:33
从tsne图来看、b和粒细胞占了50%

测序有没有可能出问题？

苏沁沁

niwanmao 发表于 2019-11-10 20:44
测序有没有可能出问题？

一共送了三例标本、每例都是外周血和组织、然后merge到一起，这是转录组的分析结果，会不会和蛋白检测有出入呢？而且从fsc-ssc圈门来看，淋巴细胞那一小群也不会圈错吧？那一小群不应该是粒细胞的位置，b细胞呢？CD4CD25CD127难道在b上也有表达？所以他们测序分析时，检测到了b的marker？粒细胞该怎么解释呢？惆怅。。。。

niwanmao

苏沁沁 发表于 2019-11-11 09:30
一共送了三例标本、每例都是外周血和组织、然后merge到一起，这是转录组的分析结果，会不会和蛋白检测有 ...

现在测序也搞得跟流式检测一样，测CD4、CD25、CD127？？？？
这些CD分子不会表达在B细胞上，如果聚类聚到B细胞上了，那么只能说测序出了问题。

苏沁沁

niwanmao 发表于 2019-11-11 13:45
现在测序也搞得跟流式检测一样，测CD4、CD25、CD127？？？？
这些CD分子不会表达在B细胞上，如果聚类聚到 ...

圈门会错吗或是分选时混入其它细胞？我想先请教您看看是不是流式这部分操作有误

苏沁沁

niwanmao 发表于 2019-11-11 13:45
现在测序也搞得跟流式检测一样，测CD4、CD25、CD127？？？？
这些CD分子不会表达在B细胞上，如果聚类聚到 ...

测序时就是高通量的多marker检测吧、我们标的话只有这三个CD分子、加一个TNFR2、没有标其他分子、之所以检测出b细胞和粒细胞的marker，是不是测序时有

苏沁沁

niwanmao 发表于 2019-11-11 13:45
现在测序也搞得跟流式检测一样，测CD4、CD25、CD127？？？？
这些CD分子不会表达在B细胞上，如果聚类聚到 ...

聚类到b细胞上为什么会是测序有问题呢？这是tsne图

苏沁沁

niwanmao 发表于 2019-11-11 13:45
现在测序也搞得跟流式检测一样，测CD4、CD25、CD127？？？？
这些CD分子不会表达在B细胞上，如果聚类聚到 ...

而且这次分选我也在送测序前做了样品回测，回测结果图如下，测序还反映了一个问题、说活性太低、样品里死细胞太多（因为测序结果显示有很多线粒体）；可是我用FVS（当时选的 apc-cy7通道）回测时，活细胞占比很高啊，这又是怎么回事呢倪老师？