有没有较好的marker区分NK和CD8+ T?

lh12565

各位老师好，我想问问有没有较好的marker区分NK，NKT和CD8+ T。我更注重于测序检测的mRNA表达的marker，比如说单细胞marker，一些流式的marker用在这里效果不好。谢谢老师们。

niwanmao

免疫学标记很简单啊。
CD8+T ：CD3+CD56-CD4-CD8+
NK：CD3-CD56/CD16+
NKT：CD3+CD56+CD1d+

lh12565

niwanmao 发表于 2020-3-12 21:49
免疫学标记很简单啊。
CD8+T ：CD3+CD56-CD4-CD8+
NK：CD3-CD56/CD16+

老师，你好，我的细胞用聚类方法分为如图几类（这里没有展示CD4+的集群）并且提供了一些marker表达图，颜色越绿越亮代表高表达。
我之前用CD3标记时，具体有CD3G,CD3E和CD3D，发现用CD3E要比其他两个marker多标记更多细胞（如聚类图中的2），而其他两个marker表达很低，我不清楚这个算不算CD3+。并且这群细胞是FCGR3A(CD16)+CD1D-NCAM1(CD56)弱表达，如图所示。所以我不清楚它是哪种细胞类型。另外我在聚类图中的1中发现部分有CD4+NKG7+集群，实际上CD4+集群在更远端（这里没有展示），请问下是否有这种更像CD8 T细胞和NK细胞，而且也表达CD4+NKG7+CD8-的细胞群吗？
你的CD1d是不是CD1D呢？

谢谢老师。

niwanmao

lh12565 发表于 2020-3-17 16:39
老师，你好，我的细胞用聚类方法分为如图几类（这里没有展示CD4+的集群）并且提供了一些marker表达图，颜 ...

你用的是质谱？还是常规流式？
如果是常规流式，是需要事先调节好补偿，才能拿去聚类的。

lh12565

niwanmao 发表于 2020-3-19 09:03
你用的是质谱？还是常规流式？
如果是常规流式，是需要事先调节好补偿，才能拿去聚类的。 ...

老师，你好，我这个不是质谱和流式做的，是scRNA测序做的，我只是想知道有没有亚群表达CD4+NKG7+CD8A-且跟CD8 T细胞像的亚群。以及能够被CD3E高标记而被CD3G和CD3D弱标记且为NKG7+CD16+CD8A-CD4-的细胞亚群。因为我对PBMC细分类亚群了解不多，文献中目前没有找到这些表型，想看看有没有这些类型，谢谢老师

niwanmao

lh12565 发表于 2020-3-19 10:16
老师，你好，我这个不是质谱和流式做的，是scRNA测序做的，我只是想知道有没有亚群表达CD4+NKG7+CD8A-且跟 ...

RNA测序结果，我无法评价，我们目前还是更相信流式的结果。

lh12565

niwanmao 发表于 2020-3-19 10:33
RNA测序结果，我无法评价，我们目前还是更相信流式的结果。

好的，谢谢老师。我再问下NKT和γδT分别在PBMC中占比多少呢？

niwanmao

lh12565 发表于 2020-3-19 10:52
好的，谢谢老师。我再问下NKT和γδT分别在PBMC中占比多少呢？

充分用好站内资源。
NKT：https://www.flowcyto.cn/bbs/thread-7330-1-1.html
γδT：6.40±0.77%（参考链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5494795/）

lh12565

niwanmao 发表于 2020-3-19 11:18
充分用好站内资源。
NKT：https://www.flowcyto.cn/bbs/thread-7330-1-1.html
γδT：6.40±0.77%（参考 ...

好的，谢谢老师