2020年新的流式细胞术数据文件标准，FCS 3.2版本

niwanmao

流式细胞术数据文件标准于1984年发布，以促进流式细胞术数据分析软件与在不同类型的流式细胞术仪器上获取的数据的互操作性。 该标准在1990年修订为FCS 2.0，在1997年修订为FCS 3.0，在2010年修订为FCS 3.1。
2020年9月3日Spidlen J等人在Cytometry A杂志上提出了FCS 3.2，该修订版满足了一些新需求和建议，并结合了十年来整个细胞仪领域的进步。 FCS 3.2规范完整版可以下载http://flowcyt.sf.net/fcs/fcs32.pdf。

这里，简要介绍一些变更和新功能。
1、支持混合数值数据类型
从历史上看，FCS文件格式支持多种数据类型，包括整数以及单精度和双精度浮点值，但是对于FCS数据集中的所有数据，这些数据类型必须相同。从FCS 3.2开始，可以将不同的数据类型用于不同类型的测量。在某些测量值表示为整数较合适（例如以$ TIMESTEP变量、索引或类分配的离散单位度量的时间刻度）而其余度量表示为浮点值比较合适的情况下，混合数据类型特别有用。这也允许一个或多个测量值以双精度表示，而不必通过以这种方式表示所有测量值而在文件大小上付出很大的代价。请注意，此功能影响FCS规范的向后兼容性，但对于跟上现代仪器不断增加的通道数量以及这些数据集的自动计算分析的增长至关重要。

通过添加可选的$ PnDATATYPE关键字引入了对混合数字数据类型的支持。 $ PnDATATYPE关键字的值描述了写入数据集的DATA段中的用于FCS测量的数据类型n。 如果指定，则此关键字指示FCS测量值n存储为与$ DATATYPE关键字指定的默认数据类型不同的数据类型。

2、增加了检测器的概念以及测量类型和探针名称
添加了支持探针、检测器和分析物的可选关键字，以避免以前需要通过$ PnN和$ PnS关键字解析的不可靠性。
$ PnDET关键字指定检测器名称。
添加了$ PnTYPE和$ PnFEATURE关键字以分别正式指定FCS测量信号类型和评估功能（例如，面积，高度或宽度）。 所有这些关键字都是可选的。
添加了$ PnTAG和$ PnANALYTE关键字以分别指定用于FCS测量的染料和与FCS测量相关的目标分子或过程。
https://github.com/ISAC-DSTF/ProbeTagDictionary的ISAC探针标签字典可用于以标准化方式填充这些关键字的值。


3、CRC实现
尽管循环冗余校验（CRC）是确保FCS文件完整性的有用机制，但实际上很少使用。 我们将此归因于CRC描述不够清晰，以及供应商在正确实现此功能方面可能面临的困难。 因此，我们澄清了说明，并提供了C ++和C＃的免费开放源代码参考实现。

4、$ CYT关键字成为必需关键字
大多数现有的软件工具都利用$ CYT关键字来确定用于获取数据集数据的工具，以便自定义数据缩放和表示选项以及用户可能想要设置的其他特定于工具的首选项。 因此，必须使用$ CYT关键字，并且在创建FCS文件时，FCS 3.2要求使用它不会对数据生产者造成很大的负担。


5、各种改进
删除了先前不推荐使用的关键字，例如$ GATE，$ GnE，$ GnF，$ GnN，$ GnP，$ GnR，$ GnS，$ GnT和$ GnV。
以前不推荐使用的直方图支持以及相关关键字（例如$ PKn和$ PKNn）已被删除。
放宽了Analysis段的格式，并删除了相关的关键字（$ CSMODE，$ CSVBITS和$ CSVnFLAG）。
不推荐使用不再需要的关键字，例如$ GATING，$ RnI，$ RnW和$ PnP。不推荐使用$ DATE，$ BTIM和$ ETIM关键字，而推荐使用遵循ISO标准的$ BEGINDATETIME和$ ENDDATETIME。
不建议使用$ PLATEID，$ PLATENAME和$ WELLID关键字，而添加了新的更通用的关键字$ CARRIERID，$ CARRIERTYPE和$ LOCATIONID来标识保存样本的载体，该样本是数据集的来源。
不建议使用$ MODE关键字，并且如果使用了该关键字，则此关键字的值固定为“ L”，因为列表模式是此时唯一受支持的模式。
不建议使用不能被8整除的$ PnB关键字的值。
$ PnG关键字仅限于整数数据类型。这意味着浮点数据的通道值和标度值相同。
$ PnCALIBRATION关键字的值的格式中添加了一个可选的偏移量。
$ BEGINSTEXT，$ ENDSTEXT，$ BEGINANALYSIS和$ ENDANALYSIS关键字是可选的，因为它们很少需要。

6、其他增加的关键字
添加了可选的$ UNSTAINEDCENTERS和$ UNSTAINEDINFO关键字，以捕获未染色样本的中心值的向量并记录如何获得它们。
$ UNSTAINEDCENTERS关键字表示选定的未染色细胞或粒子群体的平均背景和自发荧光。 请参阅规范规范中的文本以获取更多详细信息，包括如何使用它们。
添加了$ FLOWRATE关键字以捕获采集流速设置，这个关键字是由数据采集仪器或软件设置的，并非是实际体积/时间值所得。


7、文档改进
改进了规范的术语和结构，并在全文中澄清了一些歧义，包括$ BEGINSTEXT和$ ENDSTEXT关键字的描述。


最后，再说明一下，FCS 3.2规范完整版请从http://flowcyt.sf.net/fcs/fcs32.pdf下载。

各位流式细胞仪厂家和软件厂家，可以开始行动，支持FCS3.2标准了。

信源：Spidlen J, Moore W, Parks D, et al. Data File Standard for Flow Cytometry, Version FCS 3.2 [published online ahead of print, 2020 Sep 3]. Cytometry A. 2020;10.1002/cyto.a.24225. doi:10.1002/cyto.a.24225

immunology1988

谢谢老师，学习le