怎么让每组细胞一样多

chunfeng

请问我要检测细胞膜蛋白表达情况，要多少个细胞合适。我现在是用7-AAD 区分出活细胞后，计数100000个活细胞为停止条件。请问这样可以吗？

然后，第一次我用flowjo圈第一个门选取细胞时已经改成dot plot 模式并且已经把显示细胞数改成100000，最后得到的结果不同组的细胞数并不同。第二次我改成圈出活细胞后改成 dot plot模式， 显示100000 个细胞，最后每组细胞还是不同。请问怎么才能让每组细胞数最后都一样呢？

niwanmao

chunfeng 发表于 2020-10-7 23:16
谢谢倪老师。如果每组细胞数不一样，我用MFI来比较蛋白表达的强弱可以吗？我这个组有两个峰，请问我可以 ...

可以比较的。
要比较的话，选择Geomean或Median。前者用的相对比较多，后者适合非正态分布。
像你这个分布，有两个峰，我不明白为什么不用百分比？

niwanmao

门内细胞获取数量是可以设置为一样的，不是设置显示数量，而是设置获取数量。不知道你是什么机型，可以参考机型配套软件的说明书。

chunfeng

niwanmao 发表于 2020-10-7 22:51
门内细胞获取数量是可以设置为一样的，不是设置显示数量，而是设置获取数量。不知道你是什么机型，可以参考 ...

谢谢倪老师。如果每组细胞数不一样，我用MFI来比较蛋白表达的强弱可以吗？我这个组有两个峰，请问我可以直接在直方图上用flowjo自带的Σ功能里选mean算MFI吗

chunfeng

niwanmao 发表于 2020-10-8 15:57
可以比较的。
要比较的话，选择Geomean或Median。前者用的相对比较多，后者适合非正态分布。
像你这个分 ...

谢谢倪老师。因为其他组的图都是单峰，只有这个组有两个峰，所以我想用MFI来比较各组间的表达差异

chunfeng

niwanmao 发表于 2020-10-8 15:57
可以比较的。
要比较的话，选择Geomean或Median。前者用的相对比较多，后者适合非正态分布。
像你这个分 ...

倪老师，请您帮忙看下，我检测细胞膜蛋白的表达。抗体APC标记，DNA 7aad染色区分死活细胞。请您看下我的整个分析步骤是否正确。谢谢了

niwanmao

chunfeng 发表于 2020-10-9 03:44
倪老师，请您帮忙看下，我检测细胞膜蛋白的表达。抗体APC标记，DNA 7aad染色区分死活细胞。请您看下我的 ...

形成这样的分叉，往往意味着数据出了问题。
这样用Geomean对比应该要出问题的。

chunfeng

niwanmao 发表于 2020-10-9 15:05
形成这样的分叉，往往意味着数据出了问题。
这样用Geomean对比应该要出问题的。 ...

谢谢倪老师。请问您说的分叉是指什么呢？出现这种问题的原因会是什么呢？不知道上面的分析步骤有没有什么错误？

niwanmao

chunfeng 发表于 2020-10-16 22:17
谢谢倪老师。请问您说的分叉是指什么呢？出现这种问题的原因会是什么呢？不知道上面的分析步骤有没有什么 ...

一般意味着有一个部分的信号是不正常的，大多数可通过排除粘连体、排除死细胞这两个步骤去除。

chunfeng

niwanmao 发表于 2020-10-17 09:50
一般意味着有一个部分的信号是不正常的，大多数可通过排除粘连体、排除死细胞这两个步骤去除。 ...

感谢倪老师的耐心回答。我还是没能理解您说的“分叉”指的是什么情况。是指其他组都是单峰，只有20UM组有两个峰吗？最近一次的实验结果分析出来的20UM组也还是主峰前有一个小峰。如果方便，我可以把原始数据给您请您分析一下吗