flowjo t-SNE分析

爱白衣杀手

已做出每个样本t-SNE分析图，但是发现样本间图差异很大，如下图，相同细胞群在不同样本的位置差异很大，更别说比较丰度了。请问我是不是分析的不对？如何减少样本间差异或者说保证同一类群细胞在不同样本间在相同位置？

niwanmao

t-SNE的降维，是随机的，所以，不同次的运行，会跑出不同的形状和分布。

爱白衣杀手

niwanmao 发表于 2021-6-17 18:38
t-SNE的降维，是随机的，所以，不同次的运行，会跑出不同的形状和分布。

如果这样那还能做样本间比较吗？如果不能比那这个功能岂不是鸡肋？

niwanmao

爱白衣杀手 发表于 2021-6-17 19:32
如果这样那还能做样本间比较吗？如果不能比那这个功能岂不是鸡肋？

样本间比较，不能分别运算，而是需要将多个样本，通过flowjo的concatenate合并成一个FCS，然后再进行共同运算。

爱白衣杀手

niwanmao 发表于 2021-6-17 22:01
样本间比较，不能分别运算，而是需要将多个样本，通过flowjo的concatenate合并成一个FCS，然后再进行共同 ...

谢谢倪老师，请问有具体操作方法吗？我试了多个样本concatenate之后做出来的所有样本只有一个图，如何能在一个图里分别展示出两组样本呢？

niwanmao

爱白衣杀手 发表于 2021-6-18 09:13
谢谢倪老师，请问有具体操作方法吗？我试了多个样本concatenate之后做出来的所有样本只有一个图，如何能 ...

运算完之后，可通过Time轴，分出不同样本。

myy559

niwanmao 发表于 2021-6-18 10:54
运算完之后，可通过Time轴，分出不同样本。

老师好，我把合并之后的文件跑了t-SNE之后，不知道怎么调time参数，无法出现多个样本各自的岛图。烦请老师指点。

niwanmao

myy559 发表于 2023-3-6 13:57
老师好，我把合并之后的文件跑了t-SNE之后，不知道怎么调time参数，无法出现多个样本各自的岛图。烦请老 ...

图片，是通过回复窗口“高级模式”中的工具栏上图片按钮，上传。不能直接拖到窗口中。

myy559

niwanmao 发表于 2023-3-6 14:25
图片，是通过回复窗口“高级模式”中的工具栏上图片按钮，上传。不能直接拖到窗口中。 ...

谢谢老师。这次应该可以看到图片了

niwanmao

myy559 发表于 2023-3-7 09:06
谢谢老师。这次应该可以看到图片了

你点击左侧这个图横坐标的三角按钮，确认一下是否有Time参数。