新手请教流式测抑菌剂药效的问题

aivy

使用的是LIVE/DEAD BacLight 试剂盒（包含PI和syto9），药剂是农用链霉素，分别设置高中低三个浓度，处理时间为5个小时。可以帮忙分析下数据么。我自己看觉得高中低三个浓度的药效都差不多，看不出来区别。目标菌用的是一种革兰氏阴性细菌。

niwanmao

我看了下，由于FL1和FL2荧光极低处的信号，通过反设门在FSC、SSC位置上绝大部分处于FSC、SSC小的位置（如下图）

反设门查看碎片信号

所以我们就只选择FSC小，而SSC中等的区域进行设门分析。最终分析结果如下，三个浓度分别是7.8％、8.3％、6％，见下面5个图：
无菌水：

无菌水

死活双染：

死活双染

低浓度：

低浓度

中浓度：

中浓度

高浓度：

高浓度

aivy

niwanmao 发表于 2013-4-10 12:17

                               
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我看了下，由于FL1和FL2荧光极低处的信号，通过反设门在FSC、SSC位置上绝大部分处于FSC、SSC小的位置（如下 ...

谢谢老师的分析，可是为什么图形上看不出随着药剂浓度的增高死菌数应该增加这个现象呢？

niwanmao

aivy 发表于 2013-4-10 15:56

                               
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谢谢老师的分析，可是为什么图形上看不出随着药剂浓度的增高死菌数应该增加这个现象呢？ ...

结果是客观的，可能你需要从实验的各方面因素进行排除。

zml

最近也在用这个试剂盒做试验，也是做的革兰氏阴性菌。因为对于流式是新手，所以不知道补偿是否调的准确，还请各位老师指点。再者就是我的似乎没有出现跟上面的一样的图形，而是一团一团的，不知道参数调节的效果是否较好，想请各位老师帮忙看下谢谢各位老师了。

背景荧光

PI单染调节补偿

SYTO 9调节补偿

protocalSYTO 9单染检测

dragonhzqsmmu

zml 发表于 2013-4-24 16:00

                               
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最近也在用这个试剂盒做试验，也是做的革兰氏阴性菌。因为对于流式是新手，所以不知道补偿是否调的准确，还 ...

为什么是LMD文件，不能转成FCS通用流式文件格式吗？

dragonhzqsmmu

niwanmao 发表于 2013-4-10 12:17

                               
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我看了下，由于FL1和FL2荧光极低处的信号，通过反设门在FSC、SSC位置上绝大部分处于FSC、SSC小的位置（如下 ...

想请教一下老师，是否可以先用FL1（SYTO）和SSC设门确定细菌群，再死活分类？
另外我在网上查到这个kit有不同的货号，尽管都是molecular probe公司出品的，但里面的流式结果的表述各不相同，其中的一个把群分为三个

此外还找到一篇2007年做的应用环境微生物的文章，里面还提到用SYR Green代替SYTO染色的方法

dragonhzqsmmu

zml 发表于 2013-4-24 16:00

                               
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最近也在用这个试剂盒做试验，也是做的革兰氏阴性菌。因为对于流式是新手，所以不知道补偿是否调的准确，还 ...

另外从这个图来看，是否补偿过头了？

niwanmao

dragonhzqsmmu 发表于 2013-6-15 14:22

                               
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为什么是LMD文件，不能转成FCS通用流式文件格式吗？

LMD其实是特殊的FCS文件，加了些文件结构。所以有些分析软件可能不支持。

niwanmao

dragonhzqsmmu 发表于 2013-6-15 16:01

                               
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想请教一下老师，是否可以先用FL1（SYTO）和SSC设门确定细菌群，再死活分类？
另外我在网上查到这个kit有 ...

先用FL1和SSC设门可以使得第二个散点图的结果更纯，只剩下FL1阳性的信号，但是最好还是用FSC/SSC，因为可能还存在一些未知活力的细菌。

这几个说明书应该L34856才对，其它三个应该是形态学上，分为A、B、C三个组分。

SYBR GREEN分析方法跟SYTO9差不多。