流式数据的可视化进展

dragonhzqsmmu

目前流式细胞数据除了我们常见的各种商业和开源软件输出的点图、等高线图、斑马线图、多色图等等，对相关数据的挖掘越来越受到重视

Flowjo软件就提供了三维的数据分析，此外还提出了cluster的概念（目前我还没完全弄清楚），详见
http://www.flowjo.com/v8/html/cluster.html
另外还有movie功能便于快速浏览大量数据
http://www.flowjo.com/v9/html/movies.html

但今天在网上看到另外一家提供的数据可视化软件感觉更为牛叉，是visualmap

https://www.youtube.com/watch?v=BEARox4UwEk

具体的公司网站是http://www.visumap.net/

niwanmao

这些都是统计学处理的结果呈现。我倒是看过相关文献。

cluster就是聚类分析，就是说根据你提供的数据文件中抗原表达分布情况，帮你自动进行细胞分群，多数采用的k-means clustering。

visualmap这款软件呈现的内容更多，但也是基于统计学的处理，很多咱们看不懂，更多的是生物信息学的人在搞的事情。

有一款ViDaExpert也是不错的多维处理工具，免费的。只是流式数据需要先转换为它所需的数据格式。

@haven_t  可否来谈谈？

dragonhzqsmmu

Vidaexpert软件的网址如下：

http://bioinfo-out.curie.fr/projects/vidaexpert/

看介绍是一个俄罗斯的博士研究生 Dr. Andrei Zinovyev在他攻读俄罗斯科学院计算建模学院博士的学位论文开始的（牛人一个，想想俺们博士干了啥，⊙﹏⊙b汗），随后转战法国居里学院生物信息学院（牛叉），好像是基于主成分分析（PCA）的多维数据展示软件

haven_t

对大部分进行流式数据分析的人其实基本的两三种图就已经可以满足分析的需求了，三维图形只是演示起来比较眩而以，相信没有人会用三维图形进行分析。而一些比较特殊的显示方法如果使用者没有应用数学或者生物信息学基础的话是很难理解和分析里面的含义的，当然如果应用得好可能会有意想不到的收获。
聚类分析其实是超出了数据可视化范畴，应该算是自动化分析的领域，但它带来的不仅仅是便利，因聚类分析可以进行多维的分析，而三维以上的数据是无法可视化的，我们在所有的二维图形上无法分辨的两群细胞可能在多维空间上可以明显地分开，所以这个是个很好的工具。

niwanmao

haven_t 发表于 2013-6-16 23:29

                               
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对大部分进行流式数据分析的人其实基本的两三种图就已经可以满足分析的需求了，三维图形只是演示起来比较眩 ...

三维图形的圈门是个问题。不过看视频演示visualmap似乎可以圈，这个有点意思，可惜的是，它不是流式专业分析软件，只是一种呈现工具。

聚类分析是个好东西，可以好好用起来。