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个性化流式细胞术评估血管健康:评估糖尿病心血管健康...

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发表于 2013-7-8 08:49:59 | 显示全部楼层 |阅读模式

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背景:目前尚无廉价而准确的评估患者心血管健康状况的血液检测。本研究将新型多色流式细胞术与流式细胞术指纹(cytometric fingerprinting (CF))结合起来,以准确分析循环干祖细胞(CPCs,参与促血管生成和血管修复)和微颗粒(MPs,常常参与炎症反应和栓塞病理机制)。CF可从CPCs和MPs的表达中发现患者独特的模式,从而生成该患者特有的血管健康指标(VHP)。
方法:CPCs和MPs分别采用相关的免疫标记,同时检测Ⅱ型糖尿病和年龄类似的健康供者,并利用CF进行分析。
CPC抗体组合:FITC-CD31 (BD Cat# 555445, Clone WM59), PE-Cy7-CD34 (BD Cat#348791, Clone 8G12), Percp-Cy5.5-CD3 (BD Cat# 340949, Clone SK7), Percp-Cy5.5-CD33 (BD Cat# 341650, Clone P67.6), Percp-Cy5.5-CD19 (BD Cat# 340951, Clone SJ25C1), V450-CD45 (BD Cat#560367 Clone HI30), PE-CD133 (Miltenyl Biotec Cat# 130-080-801, Clone AC133),APC-VEGFR2 (R&D Cat# FAB357A, Clone 89106)
MP抗体组合:FITC-Annexin-V (BD Bioscience Cat# 556570), PE-CD144 (BD Bioscience Cat# 560410, clone 55-7H1), Percp-Cy5.5-CD64 (BD Bioscience Cat# 561194, Clone 10.1), AF647-CD105 (BD Bioscience Cat# 561439, clone 266), APC-H7-CD41a (BD Bioscience Cat# 561422, clone HIP8), PE-Cy7-CD31 (Biolegend Cat#303118, clone WM59), BV421-CD3 (Biolegend Cat# 300433, Clone UCHT1).
结果:糖尿病患者的循环造血干祖细胞(CHSPCAng)量明显低于健康供者。在微颗粒检测上,除了CD31 bright/CD41 abright这群MP糖尿病患者偏低,其它7群微颗粒(CD3+ T-Lymphocyte MPs, CD105+ Endothelial MP, Annexin V+MPs , CD31+ MPs, CD41a+ ,Annexin V+/CD31+/CD41a+, CD31dim/CD41adim)的水平均是糖尿病患者偏高。这些指标结合起来,可能对药物研发、临床风险评估、诊断等起着一定作用。

糖尿病患者和健康供者的CP区别

糖尿病患者和健康供者的CP区别


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发表于 2013-7-8 11:06:01 | 显示全部楼层
本帖最后由 dragonhzqsmmu 于 2013-7-8 12:34 编辑

感谢老师提供这篇好文章,有几个问题:
1、这篇文章分析数据和自动圈门用的是R软件而不是常用的flowjo、FCS express或者其他第三方软件,R软件在自动设门方面是不是优于上述商业化软件?

2、评估微粒用了三种微球,0.3um,1um和3um,但好像也有文献用的是0.8um和1um微球,上述哪种策略更好点?我们日常做科研的话是否必需用到2-3种不同直径的微球,还是就1um的微球就OK了?

3、文章里面还提到了“fingerprints” 这个是流式细胞的“指纹图谱”,以往只在色谱或者质谱里面看到,是表示某种细胞表面标志的代表集合?
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发表于 2013-7-8 12:47:32 | 显示全部楼层
dragonhzqsmmu 发表于 2013-7-8 11:06
感谢老师提供这篇好文章,有几个问题:
1、这篇文章分析数据和自动圈门用的是R软件而不是常用的flowjo、FCS ...

找到fingerprint的几篇参考文献,感觉这是一种新的减小操作者评估分群误差的新的数学方法,看来得好好学习一下R语言了

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 楼主| 发表于 2013-7-8 14:49:36 | 显示全部楼层
dragonhzqsmmu 发表于 2013-7-8 11:06
感谢老师提供这篇好文章,有几个问题:
1、这篇文章分析数据和自动圈门用的是R软件而不是常用的flowjo、FCS ...

1、软件是用R语言。确实如你后来找到的资料,flowFP是一个R语言包,但是老实说,我对fingerprint目前还是一知半解。应该说,flowjo和FCS express等商业化软件更注重的是图形化分析,是常规分析方法,而fingerprint更倾向于是一种统计学处理方法。

2、微球的选择可以请@didi_zhou 来回答一下。我没做过这方面的实验,所以只能猜测选择多大的微球,跟检测的微颗粒大小有关系。

3、我个人的理解是fingerprint就是类似于microarray里面那种图形,给每一个流式标本可生成其独特的指纹。一起努力学习一下,届时再讨论讨论。
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 楼主| 发表于 2013-7-8 15:00:22 | 显示全部楼层
dragonhzqsmmu 发表于 2013-7-8 12:47
找到fingerprint的几篇参考文献,感觉这是一种新的减小操作者评估分群误差的新的数学方法,看来得好好学 ...

其实我觉得你第二篇文献中的那个图(见下图)就很好的解释了流式fingerprint的产生和应用。

流式fingerprint

流式fingerprint

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发表于 2013-7-10 23:09:22 | 显示全部楼层
作为自动算法,R语言确实优于其他软件,因为其开源的属性,为他添砖加瓦的人才太多,但是R语言没有图形界面,需要熟悉R语言命令的才能较好使用。
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 楼主| 发表于 2013-7-11 08:02:14 | 显示全部楼层
tanweifeng 发表于 2013-7-10 23:09
作为自动算法,R语言确实优于其他软件,因为其开源的属性,为他添砖加瓦的人才太多,但是R语言没有图形界面 ...

总体还好,除非你要编程,如果不需要编程,基本上每个包都有完整的说明文档,可以直接参照说明文档做,还算简单的。
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发表于 2013-7-12 19:37:23 | 显示全部楼层
dragonhzqsmmu 发表于 2013-7-8 11:06
感谢老师提供这篇好文章,有几个问题:
1、这篇文章分析数据和自动圈门用的是R软件而不是常用的flowjo、FCS ...

最好情况下是用0.3、0.1、3,3种微球,这样可以大概画出MP的范围。不过也可以只用1的,画出Noise到1之间的算MP也可以。不过要看机器的分辨率了,不一定所有的都分得开,所以要加一个AV。
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发表于 2014-2-17 11:23:44 | 显示全部楼层
第一次听到cytometric fingerprinting 这个概念,要好好学习一下,谢谢倪老师的分享。
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