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[流式相关软件] 实验室想购买一个商业化的流式细胞软件,请大家推荐一下

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发表于 2013-8-15 09:45:13 | 显示全部楼层 |阅读模式
悬赏1流星未解决
实验室新近买了一台BD的Calibur四色流式细胞仪,除了机器自带的cellquest软件,想再买一个商品化的流式细胞软件

可供选择的有flowjo、FCS Express两个,大家能否帮忙推荐一下?

组织样本处理不好?流式中文网原研的魔滤®魔杵®套装,低成本解决,高质量收获
发表于 2013-8-16 15:05:03 | 显示全部楼层
一般用flowjo,我知道贝克曼还有一款叫做kaluza,做的图形比较漂亮
流式中文网FlowGuard®流式专用保存液,无需冻存,稳定保护各类流式样本,从容完成实验
发表于 2013-8-16 15:37:03 | 显示全部楼层
自己偶尔分析点数据可以用CFCS啊。

商业化,FlowJo、FCS Express和Kaluza都用过,个人更喜欢Kaluza,不单单是图形漂亮问题,关键是很多快捷功能,例如拖放设门、拖放调节补偿。推动门时门内数据点实时变动。如果已经有各种单染的数据,它还可以自动调补偿。
其批处理功能绝对强于FlowJo。
其它功能我也还在不断尝试中,Kaluza确实是款优秀的软件。
不过不喜欢的是Kaluza图形放大后,数据点之间的分隔不象Diva那样会分得更清楚,而还是老样子,这个以前@haven_t  也讨论过此问题,可能各有各的考虑吧。
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发表于 2013-8-17 22:28:22 | 显示全部楼层

最近也用过kaluza,非常认同以上的优点,可能我不会用,有几个问题还想请教一下。1)如何把不同数据的图放在同一个页面里面。2)图形的确是我见过的软件里面最漂亮的,这是因为软件调用显卡的图形处理函数进行过优化,图形的过渡做的很好,问题是如果仔细留意在数据密度较低的地方点似乎进行了模糊处理,看起来不那么清晰,而且隐约有栅格的感觉,不过不影响分析。3)关于编辑门时数据点实时变动这个功能,数据比较小的时候这个功能是很好用的,但如果细胞数超过100万的数据,如果进行实时更新可能会很慢,不知道能否进行关闭。

kaluza放大后调节分辨率也可以达到Diva的效果。

至于kaluza的批处理我倒不觉得怎样,比flowjo强这点我还是持保留意见,也可能因为我没有深入研究过这个软件的功能吧。
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发表于 2013-8-17 22:58:02 | 显示全部楼层
haven_t 发表于 2013-8-17 22:28
最近也用过kaluza,非常认同以上的优点,可能我不会用,有几个问题还想请教一下。1)如何把不同数据的图放 ...

(1)把不同的数据放到一个sheet中,我是这么做的(如下图),先将每个数据门设好,然后选中,点击右键,选择“Add to new composite”,就会合并成一个合集,此时,还是每个数据文件一个sheet显示的,此时,选择Edit下的By Dataset按钮,再逐个从其它sheet全选剪切图形过来,图形就会自动按照数据文件的名称排列,无须我们手工拖放排列:
2013-08-17_224956.gif
(2)密度低的地方做了模糊化处理我倒是没有注意到,似乎都差不多的。可调节分辨率后来看到了,但似乎放大后分界的效果还是不如Diva。
(3)实时拖动还好吧。至少我这边10几万的数据都没停顿的。更多的我倒是没试过。

关于批处理功能,可以使用下图的batch process configuration窗口的功能,可以批量处理并及时导出所有数据。而我所说的批处理功能除了这方面外,其实更多的是我们临床大量数据的分析,因为其protocol(就是设门的木板)和compensation都可以导出为文件,然后再通过拖放应用到选择的数据文件上,所以感觉非常方便,而且它的所有分析图形都在一个窗口内,选择、改变坐标、拖放顺序等很方便,而flowjo是一个个小窗口,切换、设门很不方便,比如我想在flowjo设两个门,依次看各个门的表达情况,很麻烦。
2013-08-17_224434.gif
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发表于 2013-8-19 09:01:08 | 显示全部楼层
本帖最后由 haven_t 于 2013-8-19 09:02 编辑
niwanmao 发表于 2013-8-17 22:58
(1)把不同的数据放到一个sheet中,我是这么做的(如下图),先将每个数据门设好,然后选中,点击右键, ...


其实您所提到的批处理Flowjo都能做到,把不同数据的图放在同一个页面的操作比kaluza简单,拖放设门比Kaluza更灵活,就是补偿调节没有Kaluza方便。但flowjo针对的是科研的用途,所以没有对白血病分析这类应用进行优化,如果是针对这类型临床使用据我所了解可能就是wood的软件和CFCS了。

kaluza还有两个功能我找不到的,一个是调整散点图显示细胞数量,另外一个是如何用放大的点着重显示某个门的数据。此外Kaluza对某些非BC的数据坐标显示不正确,毕竟Kaluza并非纯粹意义上的第三方软件,所以也没必要苛求。
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发表于 2013-8-19 09:05:11 | 显示全部楼层
haven_t 发表于 2013-8-19 09:01
其实您所提到的批处理Flowjo都能做到,把不同数据的图放在同一个页面的操作比kaluza简单,拖放设门比Kalu ...

我并没说flowjo做不到这些功能,只是说它这种小窗口样式的,至少我个人觉得分析非常麻烦。
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发表于 2013-8-19 10:17:55 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2013-8-19 09:05
我并没说flowjo做不到这些功能,只是说它这种小窗口样式的,至少我个人觉得分析非常麻烦。
...

因为电脑的桌面是没办法滚动翻页的,所以没办法放太多的图形窗口,而layout里面又不能设门,所以窗口多了会觉得很凌乱。白血病分析是以图形为核心,每个门都要看所有参数的表达,每个数据的图形数量特别多,如果不是open gate,用flowjo分析很困难。一般实验每一管的图形不会太多,所以分析起来会很顺手。看分析习惯吧,如果分析的时候每个数据的图不至于铺满桌面,其实效率是很高的。
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发表于 2013-8-19 10:37:14 | 显示全部楼层
cell quest pro
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 楼主| 发表于 2013-8-19 18:26:21 | 显示全部楼层
linyingjia0 发表于 2013-8-19 10:37
cell quest pro

cell quest pro好像没有win版本的吧,而且mac版本的已经停止升级了,LZ的意思就是用原机标配的软件?不过确实,cellquest的好多功能还没有研究透
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