求教怎么设门，谢谢

alex@prague

PBMC 要圈T细胞，第一组根据SSC FSC 对着同型对照设门后，没有几个细胞了，而且门稍微动一动同型对照mean值就上百。 第二组先圈了下CD3+然后对照SSC FSC的位置，同型对照还是很高。 这东西应该怎么弄啊，求帮助。昨天发错地方了，重新发一下。

niwanmao

我看了半天，愣是看不出什么意思，你这里的同型对照不是都好的吗？

alex@prague

可是这样两组值差好多啊，用哪个合适呢

niwanmao

alex@prague 发表于 2014-1-9 20:46
可是这样两组值差好多啊，用哪个合适呢

你能不能再说的清楚一点，我都不知道你究竟指什么值？

alex@prague

我觉得统计双阳性细胞占CD3+细胞的比例比较合适，但是老板让我看geo mean的值

niwanmao

alex@prague 发表于 2014-1-9 21:47
我觉得统计双阳性细胞占CD3+细胞的比例比较合适，但是老板让我看geo mean的值 ...

因为你在此提问，是要向没有接触过你课题的人提问，所以你要说清楚你要分析的指标。
这样，你先按照这个思路回答一下：
1、你上面几个散点图都是想分析双阳性细胞占CD3＋淋巴细胞的比例？目前是为了什么？
2、你为什么一定要看geomean？

alex@prague

1. 这是以前一个人做的实验，当时她是看经过刺激后一些NK受体在NK细胞上表达的变化，最近老板突然想到这个结果了让我重新设门看看这些NK受体在CD3+T细胞上的表达情况。
2. 以前那人用这个结果发了文章用的是geo mean统计的数据，所以老板想让我用同样的方法算。

数据非常多，越看越奇怪，虽然标了CD3 但是也没有CD3的同型对照，而且CD3分出的群位置不是很一致，十字marker位置变来变去的，我觉得CD3-那群也会影响结果。是不是单独把CD3+圈出来然后做histogram比较好呢。

niwanmao

alex@prague 发表于 2014-1-9 23:48
1. 这是以前一个人做的实验，当时她是看经过刺激后一些NK受体在NK细胞上表达的变化，最近老板突然想到这个 ...

你的意思上面这两幅图是以前师兄师姐做的？我觉得设门可以的啊。如果你只是计算NK相关受体占CD3＋细胞的比例。是可以做直方图，但是有时候散点图比直方图分群上看的更清楚，所以用散点图也没有错。
至于分群这么清楚（除了最后一个），我建议还是用百分比来表示更好，最后一个可能用密度图可以看到分界点吧。

alex@prague

谢谢倪老师。对，这是以前一个师姐做的，昨天老师给我发邮件说我门设的不对，可是我散点图显示20%点后那一群细胞的位置是在那个位置啊，应该是收数据时的设的电压有关系吧，淋巴细胞应该就是下面那一群吧？还有一些CD3的群都没有分开，头痛死了，这样的往哪去画marker啊。

niwanmao

alex@prague 发表于 2014-1-10 18:01
谢谢倪老师。对，这是以前一个师姐做的，昨天老师给我发邮件说我门设的不对，可是我散点图显示20%点后那一 ...

你师姐设门设的对，你这个设的确实不对。
应该如下图中的红线：



这里还有一个问题，为什么你的淋巴细胞CD3表达阴性？抗体没加？