modfit中的apoptosis model 分析

燕仔zoe

各位资深老师：
本人在做细胞周期上遇到些小问题，不太清楚该要如何分析，请教各位老师~
首先调完FSC和SSC的电压以后，设定Threshold去除碎片，
control如图，

而后跑的实验组，分析后细胞周期G0/G1期和G2期基本无差异，但是就散点图而言，PI低阳性的比例大大升高，这部分我是应该所有都圈进去当做sub G来分析apoptosis呢，还是这些还是算碎片？最主要是这群点的位置和主细胞群基本相近，算作碎片是不是不太合理，但是如果算成凋亡的话，Sub G的峰非常靠前，都快接近Y轴了。。。附图

niwanmao

燕仔zoe 发表于 2014-12-12 13:14
好的，谢谢倪老师
对照组是control
实验组随便挑了一个，编号004

用modfit显示确实如你所述，下面一大堆碎片。
但是我换了艾森的novoexpress软件，发现就是好的，而且FSC、SSC散点图放大后，可以很明显分出两群不同状态的：

图1

1

图4

4

而且，用FLOWJO也是类似的结果，图4会有一个小的碎片峰，但没有MODFIT图中这么明显，所以可以不管：

flowjo

niwanmao

control中也有不少啊，你圈圈底部那些比例看看多少

燕仔zoe

niwanmao 发表于 2014-12-11 13:17
control中也有不少啊，你圈圈底部那些比例看看多少

倪老师，您好，因为不在BD的机子旁边，没有用BD专门软件，直接用了FlowJo分析了下，
control的碎片不算太多，

haven_t

Threshold是FSC还是PI？

燕仔zoe

haven_t 发表于 2014-12-11 15:26
Threshold是FSC还是PI？

设的是FSC，没记错的话，应该改后是<15000，好像默认是5000。

niwanmao

燕仔zoe 发表于 2014-12-11 16:05
设的是FSC，没记错的话，应该改后是

设成<15000肯定有碎片的嘛。我都是设置成>的。
有时候碎片显示在细胞附近也是有可能的，跟信号异常、机器状态等有关。

燕仔zoe

niwanmao 发表于 2014-12-11 16:32
设成的。
有时候碎片显示在细胞附近也是有可能的，跟信号异常、机器状态等有关。 ...

不是，我的意思是FSC<15000的delete掉。剩余记录的数据的都是>15000的。

niwanmao

燕仔zoe 发表于 2014-12-11 17:08
不是，我的意思是FSC15000的。

原始数据能不能传上来看看？

haven_t

试一下阈值用PI的通道。