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如何计算染色指数之实例解析(Kaluza和FlowJo)

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发表于 2015-7-20 21:23:38 | 显示全部楼层 |阅读模式

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染色指数统一计算公式:(阳性群门内的geomean-阴性群门内的geomean)/(2*阴性群的SD)

但是实际软件分析时,却很多站友不知道如何计算,下面结合两款最流行的第三方分析软件,进行实例解析。

Kaluza
首先设门选择某抗原(此处我们选择FL-5的CD3)表达阳性和阴性的细胞群,然后根据该门画直方图,并点击工具栏上Information按钮添加信息表格(如下图),再点击该表下方的Add Statistic,随意选择一个统计数据:
2015-07-20_211549.gif

鼠标右键点击新添加的统计数据,在弹出的窗口中(如下),修改Name为S/N或中文名称“信噪比”,Value中输入公式,公式见后:
2015-07-20_211904.gif

Value中输入的公式如下,可参考图释,根据自己要计算的通道进行修改:
2015-07-20_205032.gif



FlowJo同上,在直方图上圈出阳性群和阴性群,然后点击下图中的按钮添加statistic
2015-07-20_211359.gif

在Statistic中依次选择Geom.和StdDev,默认添加后的统计值是针对所有细胞的,将该统计值如下图拖放到对应的细胞群,即可获得该群细胞的Geom.和StdDev等数值,然后参照(阳性群门内的geomean-阴性群门内的geomean)/(2*阴性群的SD)计算。

2015-07-20_211418.gif


以上方法仅供参考,如果站友们有其它秘技,欢迎不吝分享。



流式中文网FlowGuard®流式专用保存液,无需冻存,稳定保护各类流式样本,从容完成实验
发表于 2015-7-23 13:32:01 | 显示全部楼层
倪老师,

信噪比(Signal to noise, S/N),Signal/Noise,您提到的应该是stain index =D/W 这个概念吧。

评分

参与人数 1流星 +5 收起 理由
niwanmao + 5 感谢指正。

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流式中文网FlowGuard®流式专用保存液,无需冻存,稳定保护各类流式样本,从容完成实验
发表于 2015-7-23 16:55:36 | 显示全部楼层
请问信噪比S/N和染色指数SI在计算上和应用上到第有什么不同,感觉可以通用似的。
组织样本处理不好?流式中文网原研的魔滤®魔杵®套装,低成本解决,高质量收获
 楼主| 发表于 2015-7-23 19:54:55 | 显示全部楼层
joushua.L 发表于 2015-7-23 13:32
倪老师,

信噪比(Signal to noise, S/N),Signal/Noise,您提到的应该是stain index =D/W 这个概念吧。

感谢指正。已修正。
组织样本处理不好?流式中文网原研的魔滤®魔杵®套装,低成本解决,高质量收获
 楼主| 发表于 2015-7-23 19:55:26 | 显示全部楼层
爱白衣杀手 发表于 2015-7-23 16:55
请问信噪比S/N和染色指数SI在计算上和应用上到第有什么不同,感觉可以通用似的。 ...

可以通用,但是染色指数更好。
组织样本处理不好?流式中文网原研的魔滤®魔杵®套装,低成本解决,高质量收获
发表于 2019-6-18 10:53:48 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2015-7-23 19:55
可以通用,但是染色指数更好。

我们自带的软件只有Mean值,没有geomean,这两个是同一个概念吗老师
组织样本处理不好?流式中文网原研的魔滤®魔杵®套装,低成本解决,高质量收获
 楼主| 发表于 2019-6-18 15:22:05 | 显示全部楼层
特勒兮兮 发表于 2019-6-18 10:53
我们自带的软件只有Mean值,没有geomean,这两个是同一个概念吗老师

Mean,大多是指算术平均数。可以用第三方软件。我们首页上放的几个免费软件都可以。
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发表于 2022-3-11 16:45:40 | 显示全部楼层
倪老师,我做了一个抗体滴定,SI分别是99.10  182.08  274.11  280.28  271.77,保留两位小数,其他约掉了,根据这个SI,是不是SI280.28这个浓度最优啊?
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