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[流式相关软件] 收样结束后电脑死机,重启导致文件读不到数据

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发表于 2019-6-11 21:18:26 | 显示全部楼层 |阅读模式
1流星
收样结束清洗仪器结束后,结束收样起码有10几分钟吧,电脑卡死机,重启以后发现已经跑完的程序只保存了个模板,去软件存储区找到的原文件有100k左右,但导入或者在flowjo看都只有空白的模板而已。大神们有啥解决办法追回数据图吗?

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这是FCS文件损坏的缘故。修复方法: 1、下载并安装R语言可执行程序,启动后安装flowCore(读取FCS文件用)。 2、随便找一个损坏的文件,以下图的4b8e×××文件为例: 3、启动R语言框架,采用下列命令加载和读取FCS文件,此时,可看到错误所在,就是数据量应该是8141,但是TOT关键词字段值却是0,两者的冲突,造成分析软件无法正确读取数据,那么好办,我们改。 4、用Sublime Text软件(或其它可编辑大文件的文本工具)打 ...
发表于 2019-6-11 21:18:27 | 显示全部楼层
这是FCS文件损坏的缘故。修复方法:
1、下载并安装R语言可执行程序,启动后安装flowCore(读取FCS文件用)。

2、随便找一个损坏的文件,以下图的4b8e×××文件为例:
20190612_111640.png


3、启动R语言框架,采用下列命令加载和读取FCS文件,此时,可看到错误所在,就是数据量应该是8141,但是TOT关键词字段值却是0,两者的冲突,造成分析软件无法正确读取数据,那么好办,我们改。
20190612_111910.png



4、用Sublime Text软件(或其它可编辑大文件的文本工具)打开FCS文件,可以看到图中划线处的TOT字段就在前几行里面,目前的值是一串0,把最后4位0改为8141,保存,关闭即可。推荐Sublime Text软件的原因是这个软件保存文件都是按照其原本的格式,不会导致文件修改后格式不可用。
20190612_111939.png


5、此时,再用相同的命令,读取一次这个修改后的FCS文件,就发现前面的错误没有了,但是提示数据可能不完整。这没关系,至少8141个事件数据都有了。
20190612_112058.png


6、我们用View命令查看一下读取的FCS数据,发现有较多的0值,说明都是出错的数据,用数组操作命令去掉这些含0的数据即可。
20190612_112136.png


7、去除0之后,我们发现,数据都全了,剩下的有效事件数有2778个,虽然少了很多,但至少珍贵的数据回来了。这个时候,用write.FCS命令,把这些数据写入到新的FCS文件。就可以用流式分析软件正常分析了。
20190612_112213.png


祝顺利。
发表于 2019-6-12 21:20:01 | 显示全部楼层
哇塞 ,这个段位好高
发表于 2019-6-13 09:40:18 | 显示全部楼层
建议找工程师求助
 楼主| 发表于 2019-6-13 11:21:33 | 显示全部楼层

不是仪器问题,是文件损坏了,照着倪老师的方法修复了受损文件。
 楼主| 发表于 2019-6-13 11:23:08 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2019-6-11 21:18
这是FCS文件损坏的缘故。修复方法:
1、下载并安装R语言可执行程序,启动后安装flowCore(读取FCS文件用) ...

感谢倪老师,已经通过r将文档修复,虽然丢失了点数据,但大体上都是与收样时候一样的
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