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流式智子细胞因子定量自动批量分析模块

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发表于 2019-10-8 16:43:52 | 显示全部楼层 |阅读模式

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这个国庆假期,大伙儿玩的可好?
我趁这个假期,编写了一个细胞因子定量自动批量分析的模块(流式智子:https://ai.flowcyto.com/)。

利用强大的免费软件Flowing的批处理自动找峰的功能,搭配流式智子的自动标准曲线拟合(新模型,比原先常见细胞因子分析软件的多项式更准确),无论什么机型、多少因子、多少样本,都能快速批量出结果。

模块目前正在紧张进行最终测试,会在本月开放智码的发放,有需要分析流式细胞因子(不是胞内因子,而是血清、培养液细胞因子定量)或者ELISA数据的FLOWER,均可在站内兑换智码(30颗流星兑换一个月使用期限,偷偷告诉你,这其实就是免费使用,因为每天登录流式中文网就有一颗流星赠送)。数量有限,请关注最近的站内通知和微信公众号推送。
之前线下聚会已有智码的FLOWER可以直接登录试用。

使用流程很简单:
1、使用Flowing,设置好模板,启动Fold Runner,就会自动生成每个因子每个文件的MFI StatList,以我们这边常见6因子的结果为例,模板布局和启动Fold Runner后的效果如下,实际运行速度会略慢,但是你只需要慢慢品尝一杯茶或咖啡,让程序自动跑去吧:
ck-output.gif


2、将生成的StatList数据,复制到Excel中,并另存为CSV文件,标准品和样本的CSV数据格式如下:
20191004_162024.png 20191004_162139.png


3、依次上传标准品CSV和样本CSV 到流式智子上,几秒钟就出结果,你可以直接下载CSV格式的结果到自己电脑,整个过程,无论多少样本,需要你自己操作的时间合起来没几分钟:
20191008_163811.png 20191008_164013.png

发表于 2019-10-8 23:14:31 | 显示全部楼层
为倪老师点赞!
倪老师,请教您几个问题:
1.这个智子里面细胞因子的浓度用的什么计算的公式
2.微球的荧光强度用的是mean,geomean还是median?
3.在细胞的实验中,我们也会经常计算某个参数的荧光强度,请问这个荧光强度是否也可以近似的换算成蛋白的表达量呢,比如比较不同的启动子表达的EGFP,阳性细胞的EGFP的表达量与阳性细胞的EGFP的荧光强度是一个怎样的关系呢?
谢谢倪老师
 楼主| 发表于 2019-10-8 23:27:03 | 显示全部楼层
mybiosciences 发表于 2019-10-8 23:14
为倪老师点赞!
倪老师,请教您几个问题:
1.这个智子里面细胞因子的浓度用的什么计算的公式

1.计算细胞因子的浓度用平均荧光强度。
2.微球的荧光强度用的是geomean,由于大多数情况下呈正态分布,所以median也可以用,但是geomean用的更多。
3.在细胞的实验中,我们也会经常计算某个参数的荧光强度,这个荧光强度与蛋白的表达量呈正相关,但是不一定呈线性。
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