Flowjo tSNE分析

DC_Cooper

各位大佬有用过Flowjo tSNE分析的吗？我看发的文献里面，不同组tSNE分析后，得到的图大致上是一种图形。但是我自己实际操作中，即使同一组的样本，tSNE降维后得到的图，也大相径庭。

DC_Cooper

各位大佬有用过flowjo tSNE分析的吗？为啥我看到文献中，不同组样本 tSNE降维后，得到的图的大概形状是相似的，但是我自己处理数据，即使同一组样本，得到的tSNE降维图依然差别很大？
https://jneuroinflammation.biome ... /s12974-021-02214-y
参考文献

DC_Cooper

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DC_Cooper

niwanmao 发表于 2023-12-11 08:33
首先，tSNE降维，不是tSNE，我已帮你编辑纠正。
其次，tSNE需要固定随机种子，并且不同组需要合并到一起 ...

老师有相关的文献或者教程吗？比如如何合并不同的组在一起降维之类的

DC_Cooper

niwanmao 发表于 2023-12-11 08:33
首先，tSNE降维，不是tSNE，我已帮你编辑纠正。
其次，tSNE需要固定随机种子，并且不同组需要合并到一起 ...

感谢老师！

DC_Cooper

maomao 发表于 2023-12-11 08:59
首先你需要一个正版的FlowJo软件，然后在安装一个tSNE的插件，这些官网都可以搞定的。 ...

“首先你需要一个正版的FlowJo软件，然后在安装一个tSNE的插件”这些都有，就是我不同组做出来的降维，形状各异，和文献中差别挺大

DC_Cooper

niwanmao 发表于 2023-12-11 08:43
官方有教程：https://docs.flowjo.com/flowjo/advanced-features/dimensionality-reduction/tsne/

One a ...

感谢感谢！我去试一试

DC_Cooper

niwanmao 发表于 2023-12-11 08:43
官方有教程：https://docs.flowjo.com/flowjo/advanced-features/dimensionality-reduction/tsne/

One a ...

老师好，我今天照着您给的教程试了试。现在有个新的问题。我把几个我希望tSEN降维的样本，合并到一个新的样本中。在这个新的样本中，我希望通过time把原来的样本进行圈门，但是这几个样本的time是合在一起的，并不是像教程中，分得很开。请问这个问题应该如何解决呢？

DC_Cooper

这是合并后的time通道，并不是很好区分不同的样本

DC_Cooper

niwanmao 发表于 2023-12-11 21:32
纵坐标选择FSC或其它荧光参数，可看到Time轴的断层

好滴  老师  我去试一试