为什么我们需要更透明的流式细胞术？——从一项 PD-1 文献分析说起

niwanmao

在肿瘤免疫研究中，流式细胞术几乎是不可替代的工具，而 PD-1则是其中最受关注的免疫检查点标志物之一。无论是在基础研究还是临床转化中，科研人员都希望通过流式检测 PD-1，了解 T 细胞是否处于功能衰竭状态，并预测患者对 PD-1/PD-L1 免疫治疗的应答可能。

听起来一切十分成熟：技术常用、指标明确、文献众多。但一项最新针对 100 篇近 5 年肿瘤相关文章的回顾性分析却揭示出一个令人担忧的事实——我们读到的大量 PD-1 研究，其实无法被真正复现。问题不在于设备、试剂或科学假设，而是出在一个更根本的层面：透明度和信息报告质量的缺失。

作者从 PubMed 系统检索了最新 100 篇以流式检测 PD-1 为主题的人体肿瘤研究，并围绕透明度提出了六个关键评价维度：
方法报告是否完整（抗体、荧光染料、样本处理、仪器型号等）
是否提供 PD-1 双参数散点图
设门策略是否完整透明
阈值设定及分析流程是否严谨
图像呈现是否规范
数据是否可复得（共享或声明途径）

这些维度的共同目标只有一个——让另一个科研人员能够看懂、看清并复现你的流式结果。

结果却显示现实与理想有巨大落差。

数据揭示的真相：散点图缺失、设门不透明、阈值随意

在这 100 篇论文中：


这组数字暴露了三个现状：

第一，设门和散点图 透明度严重不足。有超过 1/3 的研究没有展示 PD-1散点图，阅读者甚至无法判断群体中是否真的存在 PD-1 阳性区，而缺乏完整设门的文献更多。这意味着结果本身是“黑箱式呈现”，结论存在但过程缺失。

这里有个单参数PD1表达图的例子。只包含这种类型图的研究其实是不应该被接受的。虽然这种图显示了PD1的荧光强度，但它无法给我们提供生物学和技术的背景，从而理解PD1的真实表达情况。



第二，阳性阈值被严重低估。 只有一半左右的研究给出了明确的阈值设定依据，例如 FMO 对照、阴性对照或清晰可识别的群体分界。其余相当一部分文章只是“看起来像阳性”，没有客观阈值来源。这足以动摇结论的可信度。

第三，数据共享几乎缺位。只有 4% 的研究公开原始 FCS 文件。这意味着绝大多数文献即使愿意复现，也无从下手。

换句话说，PD-1 是否真阳性、阳性群体的频率是否可信、统计是否稳健，读者都只能“选择相信”，无法“实际验证”。

高影响因子≠更透明

研究还进一步分析了期刊“是否专业”和“影响因子高低”与透明度的关系。

结果表明：

• 核心流式期刊在 方法报告方面稍好（达到 85%），但在散点图、设门或严谨性上没有明显优势
  

影响因子并没有改善透明度
只有“分析严谨性”与影响因子存在弱相关

这意味着：

透明度不是期刊影响力的结果，而是学术文化和审稿执行力的问题。

作者给出的现实解释

透明度缺失的根源，被归纳为三类：


作者强调——问题不是缺乏指南，而是无人真正执行指南。

我们应当从哪里开始改？

文章提出的核心建议非常明确：

• PD-1 研究必须展示双参散点图
  

2. 设门必须连续完整，而不是只展示终点人群
3. 阈值设定必须有对照、有逻辑、有证据
4. 共享原始数据应成为常态，而非例外
5. 审稿和期刊应对流式透明度负起真正责任

这些原则看似基础，却恰恰是保证流式可解释性和再现性的底线。


这项针对 100 篇 PD-1 流式论文的分析给出的警示很清楚：

透明度正在成为流式细胞术最大的可重复性风险。技术没有问题，问题出在数据本该被看见却没有被看见。

在免疫治疗时代，PD-1 是临床意义最强的流式指标之一，而正因为它重要，我们更不能容忍“不透明”。只有让散点图回归、让设门清晰、让阈值可追溯，我们才能让每一个 PD-1研究结论真正经得起验证、对患者有意义、对科学有价值。

1. 参考文献：Sorigue M, Salvia R, Petriz J. Transparency and Reporting in the Evaluation of PD1 by Flow Cytometry. Cytometry A. 2025 Oct 16. doi: 10.1002/cyto.a.24969. Epub ahead of print. PMID: 41099167.

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吹散的蒲公英

倪老师，请问“PD-1 研究必须展示双参散点图”这句话具体应该怎么理解？是必须显示PD-1和别的标记物的双参数散点图吗？不能单个单个的散点图连续设门得出结论吗？
我不是很理解，麻烦倪老师不吝赐教！

wxd

个人感觉双参散点图指的就是散点图。因为散点图有横纵两个坐标轴，如果横坐标是PD-1，纵坐标可以是别的标记物，也可以是SSC之类的散射光。这句话的重点是：PD-1研究必须展示散点图。

niwanmao

吹散的蒲公英 发表于 2025-10-21 15:17
倪老师，请问“PD-1 研究必须展示双参散点图”这句话具体应该怎么理解？是必须显示PD-1和别的标记物的双参 ...

是的，需要和其它参数搭配，例如CD3或CD4、CD8等搭配PD-1

吹散的蒲公英

niwanmao 发表于 2025-10-21 19:56
是的，需要和其它参数搭配，例如CD3或CD4、CD8等搭配PD-1

明白了，谢谢倪老师。

吹散的蒲公英

wxd 发表于 2025-10-21 16:47
个人感觉双参散点图指的就是散点图。因为散点图有横纵两个坐标轴，如果横坐标是PD-1，纵坐标可以是别的标记 ...

谢谢解答。

ZRX

确实需要展现数据，我这几天重复文章中的实验作者用BD554722染色Ki67,我做了三次还用激活的CD3测试了KI67，但一直没有阳性，后面问BD技术554722破胞膜，核膜没啥用。。就很扯淡。。

niwanmao

ZRX 发表于 2025-10-30 15:28
确实需要展现数据，我这几天重复文章中的实验作者用BD554722染色Ki67,我做了三次还用激活的CD3测试了KI67， ...

Ki67要看什么细胞，如果要测正常细胞，Ki67在核内就不能用这种破膜剂。但是我们平时临床遇到那些白血病或淋巴瘤高级别的，Ki67大量表达且从核内转移到胞内了，此时就可以测到高表达