请问要检测DNA含量需要用什么软件进行分析呢？谢谢了

zml

niwanmao 发表于 2013-7-11 10:50

                               
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这个ratio用来区分粘连体比较方便，当然直接用AUX/FL3散点图也可以。
总体看了你这些数据，觉得FL3似乎特 ...

这个我的FL3已经调到了780了，感觉都不怎么移动了,AUX也调到了710，还需要再加大么？

niwanmao

zml 发表于 2013-7-11 10:56

                               
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这个我的FL3已经调到了780了，感觉都不怎么移动了,AUX也调到了710，还需要再加大么？ ...

780已经很高了，你如果调低会怎么样？如果无论怎么调都在那个位置，搞不好这群信号是非特异信号。

zml

niwanmao 发表于 2013-7-11 11:11

                               
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780已经很高了，你如果调低会怎么样？如果无论怎么调都在那个位置，搞不好这群信号是非特异信号。 ...

请问老师该如何判断呢？我调节FL3，AUX电压和增益时后AUX/FL3散点图会出现上下位置的改变。我里面有两种，命名为DNA的是直接用FL3检测的，是LOG为参数的，那个就会出现峰型，请问老师这是什么原因呢？

niwanmao

zml 发表于 2013-7-11 11:40

                               
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请问老师该如何判断呢？我调节FL3，AUX电压和增益时后AUX/FL3散点图会出现上下位置的改变。我里面有两种 ...

DNA CONTENT这个目录下的所有文件FL3都没出来，而DNA PATTERN目录下的所有FL3都是如下图，在图右侧。等于说都没法形成双峰。我个人的看法是，FL3应该用LIN，不应该用LOG，然后你电压如果调高没法使FL3出来，那么就把电压不断调低，看看是否有新的峰从右侧出现，如果有的话就说明可能DNA峰被你调到外面去了。

log

zml

niwanmao 发表于 2013-7-11 15:16

                               
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DNA CONTENT这个目录下的所有文件FL3都没出来，而DNA PATTERN目录下的所有FL3都是如下图，在图右侧。等于 ...

好的，谢谢老师，今天我重新看了下，觉得样品的处理还是有问题，碎片太多，再改进方法后再跟大家交流，谢谢老师

didi_zhou

1、不用Ratio，直接用AUX（FL3 PEAK）/FL3 LIN就可以排除站连体。原理跟BD使用W和A一样。不过是这种组合是画对角线上的细胞。
2、一定是是用LIN（即Aria）不可能是LOG。
3、不一定G0/G1峰要在200（倪老师说的是刻度，你说的是电压）。只要分开就行了，可以G0/G1在1/3处G2/M在2/3，只要好看就行了。
4、调节电压图形上升下降是理所当然的事情，就是你调节的结果。
5、你的问题是前处理问题，细胞都碎了，所以是用LIN线性轴看不到峰图，电压调大的时候用LOG能看到，因为那些是碎片。你可以试试是用商品化的试剂，比如DNA-Prep，比酒精固定好很多。

niwanmao

didi_zhou 发表于 2013-07-12 19:45:59

                               
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1、不用Ratio，直接用AUX（FL3 PEAK）/FL3 LIN就可以排除站连体。原理跟BD使用W和A一样。不过是这种组合是

@zml 站友做的是细菌，所以出现这种分布不一定是细胞破碎。另外，G0/G1峰强烈建议放在200道附近，否则以后用modfit拟合曲线可能拟合效果差。

didi_zhou

niwanmao 发表于 2013-7-13 07:50

                               
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@zml 站友做的是细菌，所以出现这种分布不一定是细胞破碎。另外，G0/G1峰强烈建议放在200道附近，否则以后 ...

我使用MultiCycle软件，没有遇到相关问题。

didi_zhou

这是一个用户的结果，在FC500上面做的，肿瘤细胞。
细胞处理的还行，就是前面有点要凋亡的感觉，粘连体也是有一点。FS-SS图电压太小，不过还好没有切掉细胞。
如果楼主用BC的方案做，就按这个来调整图形与设门就好了。
分析软件是用的MultiCycle。

didi_zhou

dragonhzqsmmu 发表于 2013-7-11 00:16

                               
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"AUX/FL3的建立，说明是说是来去除黏粘细胞的" 是不是类似于细胞的去除二倍体？
...

AUX/FL3是通道名称，其实就是PI-PEAK（峰值）与PI-Area（峰面积），就是去除二倍体的。只不过BD Calibur收的信号是Width（峰宽）。当粘连体通过监测点时，实际上是接近的两个信号贴在一起，所以Area（Lin）和Width加倍，而Peak（Hight）不变。使用Width来排粘连体就用Width最小的那一行细胞，使用Peak（Hight）就用等斜率的那一行，实际上原理是一样的。当然，这是仅限于较老的流式细胞仪，近年研制的流式细胞仪所有通道都可以收A/H/W/LOG A/LOG H，5个参数。所以如果不做DNA线性的也可以用FS的A/W组合+SS的A/W组合来排除粘连体，不用用到荧光通道。特别是单细胞分选的时候用的比较多。

下面是示意图。