FFC,SSC设置

bernie1023

是不是红裂有问题，PBMC的分群不好

chymanhz

燕仔zoe 发表于 2016-5-26 16:47
这个就是散点图，如果原始文件用FlowJo打开的话，散点图显示的就是这样显示的，比BD的Diva软件显示的更好 ...

如果是散点图，所有点颜色或者灰度都是一样的。密度图里面颜色和细胞在该点处的数量有关系。即使去掉伪彩色，也会和点的灰阶有关系。而散点图则是不管你在这个位置上叠加了多少个细胞数据，最终的颜色和有一个细胞的位置的点的颜色一样。通过密度图，你可以知道你的细胞分布的密度情况。

chymanhz

Victorrwang 发表于 2016-5-26 11:48
这个也可能是标本本身的问题。这个是什么细胞？SSC FSC一般我都不改。
这个图不叫密度图，学名叫pseudo-col ...

也可以去掉伪彩色，那样就是用灰阶来展示该点处细胞叠加的情况。最终表达细胞分布的密度情况。

Victorrwang

chymanhz 发表于 2016-5-26 21:40
也可以去掉伪彩色，那样就是用灰阶来展示该点处细胞叠加的情况。最终表达细胞分布的密度情况。 ...

伪彩也展示了细胞叠加的情况呀。不太明白你想表达的意思

chymanhz

Victorrwang 发表于 2016-5-26 22:54
伪彩也展示了细胞叠加的情况呀。不太明白你想表达的意思

伪彩也确实展示了细胞叠加情况，但是去掉伪彩用灰度也可以展示，这个图加上去掉伪彩的灰阶图都是密度图。我想说的就是伪彩图或者灰阶图都是密度图。用伪彩不是装饰用的，而是为了显示密度的

Victorrwang

chymanhz 发表于 2016-5-26 22:58
伪彩也确实展示了细胞叠加情况，但是去掉伪彩用灰度也可以展示，这个图加上去掉伪彩的灰阶图都是密度图。 ...

能用彩色当然用彩色咯。
我的理解和你的有些偏差。密度图（density plot）显示的是经过密度拟合后的平滑曲线组成的图，不能显示单个细胞，当然在flowjo里面你可以勾上show outliers来显示那部分没有被拟合曲线代表的点。
散点图（scatter plot：无论你用什么方法去着色r（用密度或者不同的组别），其中点每一个点都对应了一个细胞。
所以说伪彩图是带有密度信息的散点图

lisa-apple

bernie1023 发表于 2016-5-26 21:08
是不是红裂有问题，PBMC的分群不好

没有裂红，是Ficoll提的PBMC

lisa-apple

Victorrwang 发表于 2016-5-26 23:21
能用彩色当然用彩色咯。
我的理解和你的有些偏差。密度图（density plot）显示的是经过密度拟合后的平滑 ...

带有密度信息的散点图 厉害

chymanhz

Victorrwang 发表于 2016-5-26 23:21
能用彩色当然用彩色咯。
我的理解和你的有些偏差。密度图（density plot）显示的是经过密度拟合后的平滑 ...

如果变成线了，那就是等高线图

Victorrwang

chymanhz 发表于 2016-5-27 21:15
如果变成线了，那就是等高线图

哦。。。这个是我没说清楚，“经过密度拟合后的平滑曲线”我想说的是在一维的图上，也就是flowjo里把y轴设置成histogram所看到的图。 放在2-d图上就应该是平滑曲面。