MDSC流式圈门的问题

immunology

我做流式的时候，经常对  1. 需要分析的问题不知道应该圈哪群总细胞，还有 2. 圈的门能不能反映细胞的绝对数量的增高，恳请倪老师和大家指点。

比如说，我现在有两种小鼠A和B，想观察 某种肿瘤细胞 皮下成瘤后，肿瘤中MDSC的浸润情况，看看A，B两种小鼠中的MDSC的浸润数量有没有差异。现在先是看总的MDSC的差异，不先细分G-MDSC和PMN-MDSC。

肿瘤研磨，percoll密度离心分层分离免疫细胞、染色以后上机，那我看MDSC的时候是 看所有细胞all events中MDSC中的比例呢，还是需要先找到gr-1，CD11b双阳细胞，反圈门到FSC、SSC上找到相应的位置，然后圈上门P1，看P1门中MDSC的比例？ 亦或是两种方案均有问题，我对怎么确定 细胞总群 总是理解不了逻辑精髓，即需要在哪群总细胞中分析我所要的细胞的比例。

第二个问题：我在做肿瘤中CD4 T细胞 ，CD8 T细胞数量分析的时候，先圈出CD3单阳的整个T细胞群P1，然后P1门内收确定数目（比如20000）的细胞。结果发现A鼠中的CD4 T比例增多，那我现在不知道是CD4 T细胞确实是多了呢，还是CD8 T细胞数目减少导致的CD4 T细胞相对多？流式是不是只能看比例多少，如何确定绝对数量的多少，而不是另一群细胞影响的导致的这群细胞的相对变化？

以上问题肯定大家指点。

immunology

附曹雪涛院士编写的书里的一张图，做的是脾脏中MDSC中的情况。在FSC和SSC中，髓系的MDSC和淋巴细胞看着是能分开的，那我要想看MDSC在两种小鼠A，B肿瘤中浸润的多少，我在FSC和SSC上圈MDSC所在位置P1，然后再在P1门中的gr-1和CD11b图上 圈双阳 看比例是不是没有什么意义？

niwanmao

immunology 发表于 2018-6-7 17:17
附曹雪涛院士编写的书里的一张图，做的是脾脏中MDSC中的情况。在FSC和SSC中，髓系的MDSC和淋巴细胞看着是能 ...

MDSC的设门是很需要技巧的，之前发过的一些MDSC帖子你可以先看看。

immunology

niwanmao 发表于 2018-6-7 17:51
MDSC的设门是很需要技巧的，之前发过的一些MDSC帖子你可以先看看。

我只查找到了您回答的一个帖子，还是不明白您圈门的道理在什么地方，望您不舍赐教。

niwanmao

Nature Communication这篇文章的设门比较详细，不过可能偏粗一点（https://www.nature.com/articles/ncomms12150#f1）设门方法见下，从左到右依次是骨髓、外周血、脾脏的设门：



你所关心的比例问题，你可以按照自己需要，一般是占活的有核细胞比例，就是通过FSC-A/FSC-H排除粘连体，再通过死活染料排除死细胞，再通过CD45/FSC排除碎片，剩下的活的有核细胞，可作为分母。

immunology

niwanmao 发表于 2018-6-8 11:16
Nature Communication这篇文章的设门比较详细，不过可能偏粗一点（https://www.nature.com/articles/ncomms ...

请问倪老师，CD45/FSC排除细胞碎片是什么意思，查找资料没有查到，能否具体说一下，谢谢您！

niwanmao

immunology 发表于 2018-6-27 02:07
请问倪老师，CD45/FSC排除细胞碎片是什么意思，查找资料没有查到，能否具体说一下，谢谢您！ ...

由于碎片的FSC非常小，而且CD45－，所以通过纵坐标CD45、横坐标FSC，设门排除掉碎片。

yxy0803

immunology 发表于 2018-6-7 17:17
附曹雪涛院士编写的书里的一张图，做的是脾脏中MDSC中的情况。在FSC和SSC中，髓系的MDSC和淋巴细胞看着是能 ...

亲 请问这是哪本书呀

phosphor850

niwanmao 发表于 2018-6-7 17:51
MDSC的设门是很需要技巧的，之前发过的一些MDSC帖子你可以先看看。

老师您好,我是做流式的新手，我的这个是4T1乳腺癌荷瘤小鼠血清的MDSC，但我完全不知道该怎么设门，所以想请教您，方便加个QQ吗，

niwanmao

phosphor850 发表于 2018-11-30 17:18
老师您好,我是做流式的新手，我的这个是4T1乳腺癌荷瘤小鼠血清的MDSC，但我完全不知道该怎么设门，所以想 ...

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