Kaluza雷达图妙用，一张图分析多个淋巴细胞亚群！

didi_zhou

昨天给大家演示了一下雷达图做信号转导时的用途。其实以前自己也没怎么用过。今天拿它来捣鼓了一下多色的淋巴细胞亚群结果，有了新的发现，原来使用雷达图可以在一张图片上直接分析多个细胞亚群，比我们用多张图还方便，现在跟大家一起分享一下。

仪器：Gallios
抗体使用：CD3、CD4、CD8、CD19、CD56、CD45（其他由于没用上就不写了，主要不是看颜色所以没写荧光素）。
软件分析：Kaluza 1.2

步骤1：先圈出淋巴细胞群（Lym=CD45+），然后再把其他抗体的阳性群用水平门在直方图上画出来，并注明相应的抗体名称，以便后面分析。

tanweifeng

didi_zhou 发表于 2013-6-26 19:21

                               
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步骤-3 根据抗原之间的关系，把他们分成N群，标上名字，我相信你们肯定懂的：） ...

如果加上小细胞群的话，细胞群的分类可以达到理论上的所有分子marker的所有排列组合分析，二维图是在已知细胞群的基础上一层层剥到目的细胞群，这个雷达图可以不局限已有的经验，根据marker的相对位置显示所有的交叉细胞群，很有利于新细胞群发掘

didi_zhou

步骤2：做雷达图，添加需要分析的门控（阳性群），然后根据他们之间的关系排列。（我是这么排列的，大家可能有更好的方法，我们可以讨论：）

didi_zhou

步骤-3 根据抗原之间的关系，把他们分成N群，标上名字，我相信你们肯定懂的：）

didi_zhou

现在往回看看，是不是跟散点图都对应的上？

还有其实CD56+NK里面其实有上下两群（CD8-/CD8+），还可以细分，不过具体意义我不是很清楚，请@niwanmao 倪老师解答一下。

里面还有很多小的群，大家能看出来么？雷达图还是很好玩的！

didi_zhou

另外Kaluza的树形图也蛮好玩的！想要不看图直接要结果的同学也可以这么玩。

niwanmao

didi_zhou 发表于 2013-6-26 19:25

                               
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现在往回看看，是不是跟散点图都对应的上？

还有其实CD56+NK里面其实有上下两群（CD8-/CD8+），还可以 ...

非常漂亮的雷达图，不过一下子还不太适应，呵呵。

我平时在正常人骨髓中也是经常看到CD56＋的NK细胞是分成两群主要的群体，一群CD8+，一群CD8阴性。其中CD8＋那群可能对免疫功能更重要：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7587727

didi_zhou

niwanmao 发表于 2013-6-26 19:55

                               
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非常漂亮的雷达图，不过一下子还不太适应，呵呵。

我平时在正常人骨髓中也是经常看到CD56＋的NK细胞是分 ...

哈哈，我也是昨天晚上才开始玩雷达图的。

niwanmao

didi_zhou 发表于 2013-6-26 19:57

                               
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哈哈，我也是昨天晚上才开始玩雷达图的。

我觉得得在软件上拖动这些坐标才看的懂，光看这么一个静止的，我得费很大的脑筋去想这个坐标对应哪个，那个坐标对应哪个

didi_zhou

niwanmao 发表于 2013-6-26 20:32

                               
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我觉得得在软件上拖动这些坐标才看的懂，光看这么一个静止的，我得费很大的脑筋去想这个坐标对应哪个，那 ...

确实……拖起来还真是有动态效果的……，不过也许以后分析固定的群落可以用固定的数轴排列方式，那么出来的群落也可以是固定了。

如果有高手来试试白血病的10色分析，说不定会有更简单的组合和分析方法，有新的趋势图可以参考。

niwanmao

didi_zhou 发表于 2013-6-26 20:37

                               
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确实……拖起来还真是有动态效果的……，不过也许以后分析固定的群落可以用固定的数轴排列方式，那么出来 ...

10色更加看不清了吧