你知道分析时如何正确设门吗？

bernie1023

请问倪老师，设门后如果阴性对照的阳性率是1.2%，样本的阳性率是1.5%，那么最终样本的阳性率是1.5%还是0.3%呢？

niwanmao

bernie1023 发表于 2016-5-10 16:17
请问倪老师，设门后如果阴性对照的阳性率是1.2%，样本的阳性率是1.5%，那么最终样本的阳性率是1.5%还是0.3% ...

首先要确保阴性对照的位置设的对，设正确，阳性率就是1.5％。

Victorrwang

opencyto里面的算法是：
1.寻找密度峰值
2.在密度峰值的右侧寻找拐点。
3.在拐点右侧根据密度函数导数的大小确定gating的位置，初始设置为导数小于0.01（下降较平缓处）

niwanmao

Victorrwang 发表于 2016-5-10 21:00
opencyto里面的算法是：
1.寻找密度峰值
2.在密度峰值的右侧寻找拐点。

好厉害。这样可以避免人为误差。不过设门方法跟我顶楼介绍的差不多，只是算法设置会避免人为波动。

Victorrwang

niwanmao 发表于 2016-5-10 21:24
好厉害。这样可以避免人为误差。不过设门方法跟我顶楼介绍的差不多，只是算法设置会避免人为波动。 ...

是啊，这一类“自动”gating就是总结人的习惯而建立起来的。

niwanmao

Victorrwang 发表于 2016-5-10 23:32
是啊，这一类“自动”gating就是总结人的习惯而建立起来的。

王博什么时候有空能否开个帖子结合实例介绍一下Opencyto的使用方法？他们官方那个英文帮助页面看了半天还是没看懂，貌似Manual Gating需要导入Flowjo的Workspace，那不是还得购买Flowjo？而Automatic Gating似乎需要导入CSV设置文件。

Victorrwang

niwanmao 发表于 2016-5-11 08:48
王博什么时候有空能否开个帖子结合实例介绍一下Opencyto的使用方法？他们官方那个英文帮助页面看了半天还 ...

opencyto我也是近段日子才开始接触。可以考虑过段时间开个帖子给大家介绍下。另外，群里用r的人多吗， 需不需先开个帖子介绍下资源？

niwanmao

Victorrwang 发表于 2016-5-11 11:31
opencyto我也是近段日子才开始接触。可以考虑过段时间开个帖子给大家介绍下。另外，群里用r的人多吗， 需 ...

目前站友们可能大多数都是普通用户，不太懂的，可以的：）

yuanli

niwanmao 发表于 2016-5-10 20:03
首先要确保阴性对照的位置设的对，设正确，阳性率就是1.5％。

老师，我现在也面临这个问题，不太明白为什么样本的阳性率不减去对照的阳性率呢？

niwanmao

yuanli 发表于 2016-5-19 11:44
老师，我现在也面临这个问题，不太明白为什么样本的阳性率不减去对照的阳性率呢？ ...

减，那是ELISA的思维。